1987年，深圳市委颁发的《深圳市机构编制管理暂行规定》，对行政机构编制及事业单位机构编制管理作了进一步规定。明确
“行政编制的使用范围，包括国家机关、党派和人民团体的工作机构。”“必须严格控制行政机构的设置，对已设置的行政机构，由市机构编制领导小组核定编制，确定机构级别、领导干部职数和人员结构比例。”对内设机构规定“市级党政群机关一般实行两级制。
部、委、办、局同为一级机构，一般设处不设科”，“区、县党政机关一般实行一级制。部、委、办、局同为科级机构”，同时，还对领导职数和人员结构比例、机构编制的审批权限等作了具体规定。“事业编制的使用范围，包括凡为社会主义物质文明和精神文明建设服务的非赢利性的全民所有制单位”，“对使用事业编制的单位，由市机构编制领导小组根据上级有关规定及其不同性质、任务和特点，制订员额配备标准和各类人员比例。”
2.制定机构编制委员会工作规则。1992年4月，市委、市政府印发了《关于批转深圳市机构编制委员会工作规则的通知》，对市编委的任务职责、会议制度、办事机构、编委会、编委会领导、编办办公室、编委办公室领导对机构编制的审批权限作了具体划分。
并规定了制度和纪律，强调要健全机构编制审批程序，严格实行集中统一管理。并重申，组织、人事、劳动、财政等部门要求机构编制主管部门密切配合管好编制，办理人员调动、任免等有关手续，应以编制部门核发的《编制使用卡》为依据。
1995年10月，市委、市政府印发《深圳市机构编制委员会工作规则》，对1992年制定的编委工作规则进行了重新修改。修改后的编委工作规则，对机构编制的审批权限作了进一步明确划分。
如规定：市直机关增加或减少3名以内的行政编制数，须由市编委正副主任审批等。
3.制定事业单位登记法规，依法对事业单位实施登记。1997年7月，市人大通过并发布《深圳经济特区事业单位登记管理条例》，对事业单位的设立、变更、注销登记、监督管理、登记程序以及处罚作了明确规定。1998年6月市编委依据《行政处罚法》授权事业单位登记管理中心行使行政执法权，使登记机构具有合法的主体资格、享有合法的权力，同年，依法对全市事业单位进行登记，通过登记，确立事业单位的法人地位，规范事业单位的行为，维护事业单位的合法权益。
此外，市编办还建立健全内部管理的各项规章制度，以及一些专门问题的规定，如1995年，市编委、民政局等六家联合颁发了《关于全市性社会团体管理若干问题的通知》，对各类社会团体的编制、经费渠道、人事、社会保险等问题都作了具体的规定，等等。
（第二节深圳政府机构编制管理评价
经过20年的实践与探索，深圳市初步建立起一套颇有特色的机构编制管理体系，通过有效的管理，使机构编制走出了“膨胀——精简——再膨胀——再精简”的恶性循环，初步形成了与社会主义市场经济相适应的政府管理体制，党政机构设置大体合理，职能分工明晰，运转协调，人员编制相对精简，对深圳市社会、经济、文化等各方面的发展起到了良好的促进作用。
一、建立了一套行之有效的机构编制管理方法与制度
综合运用行政、经济、法律等多种手段，建立了一套行之有效的机构编制管理方法。首先，运用行政手段，加强对机构编制管理的审批管理。规定凡有关机构编制事项归口由机构编制部门负责，由编办调研协调提出意见后，按审批程序报批；机构编制审批权限，由市编委“一支笔”负责。需提交市委、市政府决定的重大事项，必须先经市编委研究提出意见，否则，市委、市政府不予讨论。
有关决定事项，交由编制部门行文。在编制的使用管理方面，实行了出入编和编制卡管理，保证了编制在具体实际工作中得到充分贯彻，同时，也把住了单位进人入口，保证了人员的素质；其次，运用人员编制与经费包干和工资基金管理等经济手段，提高部门自身控制、自我管理机构编制的积极性；再次，在机构编制法定化方面进行了有益探索，先后制定了机构编制管理暂行规定、机构编制委员会工作规则以及事业单位登记管理条例，摆脱了机构编制管理无法可依的状况。目前，实现量化标准或硬性规定管理的有：领导职数，内设机构级别、个数及其领导职数，人员结构比例以及审批权限、程序；所有事业单位的人员结构比例，包括专业技术人员、行政管理人员、工勤人员、劳作人员的比例结构等。总之，实现了机构编制管理由单一的行政审批手段向多元、科学方法管理的转变。
二、促进职能配置、机构设置、人事安排大体合理
从合理配置政府职能人手，基本建立了职能配置较为优化、机构设置大体合理、分工明确、运作协调、效率较高的政府行政管理体制。首先，按照社会主义市场经济发展的要求，理顺政府与企业、政府与事业以及中介组织的关系，将政府包揽的微观经济管理职能交还给企业，将部分社会能够自我服务，自我管理的职能交给事业单位或中介组织，逐步从具体、繁琐的事务中解脱出来。同时，加强城市管理、文化建设、社会治安以及经济监管等职能。通过职能转变，合理确定政府职能。在此基础上，按照职能管理及机构管理要求，构建现代政府机构框架，建立了政府大系统管理体系，即大工业、大农业、大商贸、大运输、大招商、大城建、大城管、大文化、大教育、大社会保障等十大管理系统，分别承担政府在社会、经济、文化、城市管理等方面的行政管理职能，实现了政府机构的精干、高效。其次，通过部门“三定”，较好地解决了部门之间职责交叉、相互扯皮现象，如在深圳市第5次改革中，共理顺和界定94项难度大、有争议和扯皮的职能。再次，按照现代行政管理的要求，明确政府部门内部职能分工，从内部机构设置上保证工作的顺利开展，如按照登记、征收、监管分开的原则，改革税收征管体制，设立税务登记分局、征收分局和稽查分局。
目前，深圳市市级政府机构为39个，市辖区党政机构为20个左右，其中，新设的盐田区党政机构仅为16个，与中央、省对这次机构改革提出的地方党政机构设置的限额基本相符。
三、保持了市直党政群机关编制的精简和相对稳定
通过行政、经济、法律等多种手段综合管理，控制了全市党政群机关编制及实有人数的增长，保持了市直党政群机关编制的精简和相对稳定。长期以来，深圳市下达的行政编制数一直控制在中央、省下达的行政编制总额之内。所有单位都没有超编现象。
与深圳市社会经济高速发展相反，机关实有人数一直保持较低水平增长，“九五”期间，深圳市党政群机关实有人数增长17.5%，而同期深圳市地方预算内财政收入增长209.6％，国内生产总值增长176.4％。
四、促进事业单位设置门类齐全、健康发展
通过编制管理，建立了门类较为齐全的事业单位体系，促进了事业单位沿着健康的轨道逐步健全和完善，为深圳市经济发展和社会进步发挥了积极作用。一是通过人才劳务、科技、金融、证券、房地产、期货、生产资料、产权交易等市场的建立及其相应的管理服务机构的设立，使生产要素市场体系得到完善。如设立人才服务中心、职业介绍中心，为人力资源的合理配置提供了条件；设立技术市场促进中心、科技开发交流中心，推动了科技市场的产业化。二是各种为企业、社会服务的中介机构，如公证服务（会计师事务所、审计师事务所、资产评估事务所、律师事务所等）、技术研究开发服务、信息咨询服务、行业自律机构的建立，为经济的健康发展和社会的进步起到了保障及促进作用，强化了社会的自我服务功能，加快了转变政府职能的进程，提高了行政效率。三是及时建立健全了文化、科技、教育、卫生、体育、市政园林等事业性机构，适应了文化、教育事业的发展及加强城市管理的需要，促进了两个文明的建设。四是通过社会保险、福利机构的建立及运作，为干部职工失业、养老、工伤、医疗、福利等提供了有效的保障，初步形成了社会保障体系的雏型。如通过设立市社会福利中心、残疾人用品用具服务站等社会福利（慈善）事业单位，基本解决了孤寡残疾人士的学习、就业和生活等困难，展现了深圳特区的良好精神风貌。
五、编制管理还存在若干需要改进的问题
尽管深圳市机构编制管理取得了较大成绩，但要建立与社会主义市场经济体制要求相适应的机构编制管理体制相比，还存在一些问题。
（一）机构编制法制建设比较薄弱
20年来，深圳市委、市政府先后颁布了机构编制管理法规及机构编制工作规则，对规范机构编制管理起到了一定的作用，但随时间推移，这些“规定”和“工作规则”的许多内容已经不适应机构编制管理的需要，如1987年市委颁布的《深圳市机构编制管理暂行规定》，规定企业的机构编制必须由政府管理，这已同现有法律、法规相悖。而且，这些暂行“规定”及“工作规则”均以政府规范性文件出台，权威性不够。另一方面，编制司法更显得苍白无力，执法监督制度不完善，缺乏必要的监督程序，缺少法律责任的监督、处罚权的明确规定，以致产生责任不清，对违法、违纪行为难以进行处罚，存在“有法不依”的状况。在机构编制日常管理工作中，也存在重审批、轻监管的现象。
（二）机构编制的管理体制不顺
一是中央、省与市之间的机构编制管理权限划分不合理，行政机构编制管理高度集权，除市级党政机构及行政体制改革方案、行政编制数、政法单列编制均需报中央、省审批外，1998年，省又将深圳市一直享有的个别机构调整权上收，使深圳市失去了一个单项机构改革的试验权。深圳作为改革开放试验区，计划单列市、副省级市，现在又被省列为建设有中国特色的社会主义现代化示范市，具体管理着城市社会经济文化等各项工作任务，而在行政机构编制方面又无权根据政府管理的需要，相应地调整机构、增加编制，机构编制与管理需要脱节的问题时有发生。二是机构编制管理内容有待进一步拓展，机构编制管理已从单纯的定员管理扩展到职能配备、机构设置、人员编制、职数配备等内容，但仍未形成一个整体，行政决策体制、行政运行程序、岗位的职权与责任等，都与机构编制管理密切相关，应将这些内容纳入机构编制管理体系。
三是机构编制部门的设置形式与其承担的职责任务不相适应。机构编制主管部门设置形式历经多次变化，至今仍是一个议事协调机构的办事机构，难以从法律上确定其地位和职责权限，存在着履行职能法律依据不足的问题。
（三）编制分类方法、行政编制数的管理方法有待改进
