李自成族人被清军屠杀事，一般史籍不载，多见于米脂地方史料，民间也有传说。
光绪《米脂县志》卷十《纪事志》记清军到米脂的情况说：“顺治元年，……英王督师自府谷济河，十二月十四日至米脂，城内人民逃窜几尽，师驻米脂二十余日。二年正月至榆林，伪将高一功、周士奇等遁走。”民国《米脂县志》卷八《纪事志》的有关记载基本相同。
清军进入米脂后，对李自成族人进行了残酷屠杀。米脂地方史料《李自成族裔考》中提到了此事：
按自成籍隶本县泰安二甲，世居北乡距城七十里海会寺沟之李家站，原名李继迁站，其高曾以下始迁于河西李继迁寨。……清顺治二年，英亲王阿济格率八旗劲旅由黄甫川西渡，剿自成余孽。十二月十四日，李家站及李继迁寨两处族众同日歼焉，见吴凤来《赵氏宗谱序》。李家站毗邻榆境，与榆属之叶家站仅隔小河一道。当清兵围剿时，有妇人携幼子归宁于叶家站者，幸免于难。事后不敢归宗，遂冒姓叶氏，入籍榆林。至今叶氏族中如石窑坪、寨坻等支，皆其裔也。其木主碑志均外书“叶”而内仍书“李”，足可证明。……又有李某者，当清兵围剿李家站时，逾垣逃出，清兵追之甚急，投身悬岩而免。周身被荆棘所伤，皮肤尽脱。兵退后潜行回家，改隶万丰三甲，娶妻生子。至今李家站李氏数十家皆其后裔。某自受伤后，人皆呼之为“李没皮”，日久相沿。竞失其名。至今其子孙岁时扫墓，亦称其始祖为李没皮云。考李家站有万寿寺，建于明代，规模甚大而空无所有。……据故老相传，清初有主王者（主王疑当时满兵之称英王，如军中之称主帅），率鞑兵围剿时，寺亦被毁。
此考文原载民国《米脂县志》卷十。1993年《米脂县志》第三十卷附录此文时，因原文中“太安”应作“泰安”，故改“太”为“泰”；“高曾以上”文意不通，故改“上”为“下”；地名用“李家站”已久，故改“跕”为“站”。
此文说，居于李家站和李继迁寨两处族众是同日被歼的。李家站至今仍有许多有关传说可与文字记载印证。李继迁寨和李自成家后又移居的长峁墕村一带，如今几乎听不到有关传说，这可能是当时李自成河西故村族人居住已经很少了，遭受屠杀的程度没有李家站李氏族人严重。李继迁寨和长峁墕村一带今无李自成族人后裔，也许有些情况没有流传下来。
“族裔考”对李自成族人被屠杀情况记载较详，今人言及其事多据此说。米脂其他有关记载不多，但从其他记载和李家站一带的口碑史料中，我们可以对此事知道得更多一些。
1996年成稿出版的《叶氏族谱续编》记述：叶家站叶氏先祖于明初由河南南阳叶县，迁居榆林东南的叶家站。当清军围剿李家站时，那位妇人带幼子逃往叶家站娘家。这位幼子本是李家后代，事后不敢归宗，就随叶家站的外爷姓了叶，其后裔人称“小叶派”。他改姓后叫叶存秀，其九世孙叶兰编修的《叶氏族谱》，就以他为一世祖。“小叶派”人口繁衍旺盛，大多居住在榆林清泉乡（今为镇）的石窑坪、叶家站，米脂李家站乡的张土沟、硷湾等十几个村庄。刚改姓的叶氏不忘先辈，神主、墓砖、墓瓦正面写“叶”，背面书“李”，还列举了几个例子。
李家站、叶家站一带村人，对清军到此地剿杀李自成族人等有些情况，比文字记载说得更多、更具体。年过八旬的程家峁村叶长凯说，我们家族一世祖叶存秀，从李家站逃出时年仅七岁，其父去世，外爷姓叶无后。小叶家九世前，神主、墓砖、墓瓦正面写“叶”，背面写“李”。
李家站村李增智、池家峁村叶新成两位老人说，清军到李家站时，在万寿寺下面的寺火滩扎营烧茶水，见李姓人便杀，毁了万寿寺和李自成先祖所住的马圈圪崂窑院，还把在宰相沟的李自成先祖坟墓尽行挖毁，烧了尸骨。还说侥幸逃生的“李没皮”本名叫李守义，他有李自申、李自玉、李自公三个儿子。
《叶氏家谱续编》也说，清军在李家站毁了李自成先祖坟墓，但说是在引凤山。李健侯着历史章回小说《永昌演义》说，李自成先祖墓在引凤山，这是最早见于文字的说法，为一些新编李自成民间故事等沿用。《叶氏家谱续编》也可能是沿用此说。李家站当地人不知这一带有此山名，这应是李健侯根据小说创作需要虚拟的，不足为信。
“族裔考”说，李家站李氏有宗谱一册，“唯首列一世而失其名，继分自申、白玉、自公三支”。按李家站当地人相传，“李没皮”本名叫李守义，他有李自申等子，这与记载有相符之处。《叶氏家谱续编》说“李没皮”名叫李自义，不知何据。
吴凤来作《赵氏家谱序》中说：
顺治二年腊月，大兵洗李自成余孽，邑中几玉石俱焚。七世祖长祥公方垂髫，偕童稚十余人，遁于山之深坑中，兵蹑至，将下矢石，皆呼号请命。有长者曰：“此非贼党。”何辜干枣一包而去。坑之中有常姓，年尤长，取其枣，计口日给数枚，是同匿坑中十余日，皆获一息，以复生尔。时祖未细请其名，至今赵与常姓世为婚姻，其无婚姻者，皆爱礼之。吾以是语后人，凡遇常姓，虽世世万代子孙，无相害也。夫他人之有德于吾祖宗者，且切切不忘……。
此序涉及清军屠杀“李自成余孽”有关的事只有这些。前引“族裔考”所述有些情况说见吴凤来《赵氏宗谱序》（“宗”应为“家”），此序没有。从此序可见，清军到米脂持续时间较长，不仅李自成族人惨遭血洗，米脂人受害程度也是很严重的。
从《米脂县志》的记载知，清军于顺治元年（1644年）十二月十四日至米脂，停留二十余日，也就是到了顺治二年（1645年）正月才撤走。清军因李自成是米脂人，他的族人在米脂，所以大肆屠杀。剿杀他的族人当是清军到米脂的主要目的，因此到县境就会采取行动，时间应在顺治元年十二月。大概清军殃及无辜的米脂人持续到了顺治二年，所以此序和“族裔考”把此事记到了顺治二年。米脂《赵氏家谱》是赵蒿三所修，成稿于清咸丰八年（1858年），赵嵩三是这年请留滞长安的广西思恩府知府吴凤来作的序。序中所写清军血洗“李自成余孽”等事，是赵嵩三向吴凤来讲的。咸丰八年距顺治元年已有二百余年，赵嵩三所述有关情况是代代相传下来的，他说的顺治二年这个时间难免不准确。
从光绪、民国两种《米脂县志》的有关记事知，清军进入和撤离米脂的时间，是顺治元年十二月至次年初。《清世祖实录》卷八却记，顺治元年九月二十日，时在山西的固山额真叶臣从军中奏报：“伪定西伯唐通败降后，我军复攻破流贼原籍米脂县，掘其坟墓，弃其骸骨。侦得流寇党羽俱经星散，以闻。”
阿济格所率清军顺治元年十月才从北京地区出发。叶臣虽先期入晋争夺大顺领地，但大顺政权在山西占地尚多，清军十月初才攻下太原，九月无暇西顾。李自成预料清军迟早会西渡黄河入犯陕北，沿河布有防兵，唐通就被置于与陕北府谷仅一河之隔的山西保德，布置高一功、李过镇守陕北。因降顺的原明将唐通等不可靠，李自成安排有亲信将领率部监视和防范他们降清。唐通于十月十一日正式降清，之前他虽于八月下旬在山西保德发动叛乱，也到了府谷及其附近地区，但有李过的抵抗，不会孤军深入到米脂。清军剿杀李自成族人、毁其先祖坟墓不会是两次，上已证明事在顺治元年十二月十四日后，九月理应实无其事。康熙、光绪、民国三种《米脂县志》和米脂其他地方史料，都不记载顺治元年九月清军攻破米脂事。叶臣说“流寇党羽俱经星散”，基本是不实奏报。《清世祖实录》的这一记载不足为信。
今陕北靖边县雷家梁、黄大梁，横山县九道峁等村的雷姓人说，先祖本姓李，是李自成同族，早年有的雷姓人殁后，墓砖上写成李姓，以示不忘本。还有个别姓氏人自称，先祖也是李自成同族。因无较早的文字记载，难以令人全都确信。相传先祖与李自成同族的雷姓人很多，似属可信。李自成犯上造反，同族人畏祸外逃改姓的应有不少。这种情况有的是清军屠杀李自成族人后发生的，如叶氏；有的之前就有了，如崇祯十四年（1641年）冬，“米脂令边大绶，查得孙姓者，实自成族”，拷问他李自成祖墓所在地，以便伐掘。
