但是到了嘉靖年间，由于明朝国势的衰弱，倭寇再一次猖獗起来。嘉靖二十六年（1547）冬抢掠福建漳州。次年夏，抢掠浙江宁波府双屿港、福建漳州府月港、泉州府浯屿。到了嘉靖三十一年（1552）以后，倭寇在东南沿海更是如入无人之境，自江苏直至福建，处处都是倭寇活动的警报。倭寇经常驾驶着数百艘战舰，在沿海以及长江肆无忌惮地横行，而明军却拿他们没有任何办法。到了后来，倭寇更是大举登陆，攻城略地，杀官戮民。以嘉靖三十三年被攻破的昆山县为例，境内的房屋十有八九都被烧毁了，人口被掳去十之四五。山东、南直、浙江、福建、广东等地无不受其害，连陪都南京也遭到了围攻。倭寇甚至沿长江直入内地，今天安徽境内的徽州、宁国、太平等地也受到波及。在整个嘉靖后期，倭寇先后攻陷城池上百座，涂炭数千里，杀死军民数十万之多。嘉靖三十三年，江阴被攻陷，当地城乡被杀的人口竟然达到几万人。嘉靖四十一年，偌大一个兴化府城竟然被倭寇攻陷，被其疯狂占据并掳掠了长达三个月之久。
倭寇的猖獗有很多的原因，但最终都要归因于当时明朝的衰落与腐朽。就拿明军的战斗力来说，浙军五千余人，分三路进攻倭寇的巢穴陶宅；倭寇二百余人来战，结果诸军还未接战就四散奔逃。青徐六千人与倭寇六十多人相遇，结果却打了败仗，三千多人在自相践踏中死亡。
面对倭寇的屠杀和明军的腐败，东南民众自发地组织抵抗。工商业者纷纷出资帮助官府修筑城墙，募勇抗倭。乡间的民众，甚至包括妇女，也纷纷手持农具，抗击倭寇的肆意抢掠。在民众的感召下，一批爱国的明朝大臣站了出来，开始着手加强边防，用武力打击倭寇的入犯。嘉靖二十六年，朱纨担任浙江巡抚。他在任期间加强海防，先后斩杀了通倭者九十六人，后来竟然被弹劾落官。报国无门的朱纨愤然自杀。嘉靖三十四年（1555），明军在卢镗的率领下，从水陆两路，对来犯的倭寇予以迎头痛击，斩首二千级，取得王江泾大捷。
在这场胜利的鼓舞下，继任浙江巡抚胡宗宪开始积极地应对倭寇。同年，胡宗宪在嘉兴用毒酒毒死了倭寇数百名。次年，又破倭于乍浦。此后，利用汪直、徐海、陈直等与倭寇巨头之间的矛盾，以计谋一一歼灭。但是，由于胡宗宪与严嵩有瓜葛，嘉靖四十一年（1562）下狱而死。不管胡宗宪人品如何，正是在他坐镇东南的这段时间里，明朝的对倭战争扭转了败势。戚继光等着名爱国将领，也在他的提拔下开始独当一面。
戚继光（1528-1588），出身于山东登州卫一个世袭军官之家。他自幼就立志报效国家，写下了“封侯非我意，但愿海波平”的诗句，把剿灭倭寇作为己任。嘉靖三十四年，他从山东调往东南，参加抗倭的军事活动。在目睹明军的战斗力之后，戚继光下定决心招募一支新军。嘉靖三十八年秋，戚继光亲自到浙江义乌，招募了矿工三千人，制定纪律，严格训练，并根据东南的地形，创制了“鸳鸯阵”的战术。经过两个月的紧张训练，这支新军成为极具战斗力的精锐，开赴抗倭前线。由于这支军队在日后的战场上英勇善战，屡立军功，被誉为“戚家军”。嘉靖四十年（1561），戚家军在龙山大败倭寇，接着九战九捷，斩获敌人首级一千有余。在其他兄弟部队的配合下，浙东的倭患遂告平息。嘉靖四十一年，戚继光率军入闽剿倭，一路上无往不胜。仅在攻克平海卫的战斗中，就擒斩倭寇二千二百名，救出被掳男女三千余人。嘉靖四十二年十二月，倭寇二万余人围攻仙游城。戚继光采取各个击破的战术，一举消灭全部倭寇，成为中国军事史上以少胜多的典型战例。至此，福建的倭患暂告平息。嘉靖四十五年，戚继光又平息了广东境内的倭患。至此，延续了十几年的倭患终于得到了有效的解决。
俞大猷与戚继光齐名，善于用兵，多次打败倭寇，其所部号为“俞家军”。从浙江开始，俞大猷与戚继光转战数千里，先后平息了福建、广东的倭寇。难能可贵的是，俞大猷胸怀宽广，虽屡遭贬黜，仍一心为国杀敌。
江南作为明朝的经济中心，物产丰富，工商业发达，是明朝财政收入的主要来源地。但到了嘉靖年间，明朝根本无力提供必要的武力保护，以至于倭寇跳梁于东南长达十几年，明朝国力的空虚一览无余。但民众为了保家卫国，与爱国将士同心协力，终于帮助明朝度过了这一难关。
在江南财赋重地受到倭寇侵扰之时，作为政治中心的北方也陷入了另一场危机。蒙古铁骑的不断南侵，让明朝政府无暇他顾，北京更是连连戒严。
“土木堡之变”后，蒙古瓦剌部由于内部矛盾丛生，而导致其势力不断衰落，鞑靼部则逐渐强大起来。从十五世纪后半叶起，鞑靼部占据了河套地区，并以之为基地，不断南侵明朝。至嘉靖中期，在俺答汗的统治下，势力愈发强大，入侵的次数也就格外地频繁起来。嘉靖二十九年（1550）六月，俺答汗再次举兵南下，攻掠大同，明军一触即溃，总兵张达等人战死。八月，俺答汗继续东进，攻破了北京外围的长城，直抵北京城下。掳掠附近村镇的居民，焚烧庐舍，火光日夜不绝。明朝无力抵抗，只能任凭俺答汗的军队肆意烧杀。过了八天，俺答汗主动回师，北京城才算是幸免于难。这一年是农历庚戌年，史称“庚戌之变”。嘉靖三十一年（1552），边事再起，俺答汗多次率军攻略明朝北部边疆，长城形同虚设，蒙古出入如无人之境。北京为此多次戒严。这种情况，直至隆庆年间才有所好转。隆庆四年（1570），由于三娘子以及明朝官员的努力，双方握手言和，明朝总算度过了北部边防危机。
目睹嘉靖朝发生的一切，不禁让人联想到王朝末世的衰败。政局混乱，各地起义风起云涌，边疆危机日益严重。虽然有戚继光这样的能臣，但也只能暂时应对明朝表面的危机，无法治疗从骨子里坏掉的政治体制。可是，历史经常会跟我们开玩笑。明朝在1566年世宗入土为安之后，又步履维艰地维持了近一个世纪之久。之所以会存在这样的变局，朱元璋也许应该感谢张居正。正是他的一番改革，为明朝这辆破车安上了新的引擎，牵动着明朝继续前行。
（第五节）中兴微光：张居正与“一条鞭法”
明世宗在位长达四十五年，在明朝仅次于其孙神宗万历，在整个中国历史上也很少有。此期，明王朝内忧外患接踵而至。他笃信道教，长期不上朝理政，把政务交给严嵩等奸臣处理。严嵩独揽大权，排斥异己，陷害忠良，搞得朝廷上下一派乌烟瘴气。边疆形势严峻，北面蒙古经常侵扰边境，东部沿海地区倭寇不断登陆，烧杀抢掠，极为猖狂。明王朝国事日衰，已经失去了往日的勃勃雄姿。一个破败的烂摊子，在等待他的继任者明穆宗的收拾。
嘉靖四十五年（1566）十二月，明世宗驾崩，其第三子朱载垕继位，是为明穆宗（1567-1572）在位，改第二年（1567）为隆庆元年。尽管明穆宗在位的时间与其父亲世宗相比并不长，只有六年，但他是比较有作为的。他改正了世宗在位时的一些过失，开启了一个较好的风气。明代的皇帝值得称道的，除了太祖、成祖、仁宗、宣宗、孝宗外，恐怕就只能数穆宗了。有人说穆宗好色成性、生活淫乱，是他最大的缺点。试问自古皇帝不好色者能有几人？只不过有些皇帝功绩显赫，从而掩盖了他们的缺点和过失。也许我们应该更加宽容地对待穆宗，给他一个客观的评价。除了政治比较清明外，穆宗最难能可贵的地方，还在于他发现、选拔、重用了一批人才，给他儿子留下一笔巨大的政治财富。文有高拱、张居正，武有戚继光、李成梁。正是这些人，为万历初年的新政作出了巨大贡献。而张居正更是万历初年的实际掌权人和万历新政的推行者。
隆庆六年（1572）闰三月，明穆宗病危。他自知大去之期不远矣，赶紧召见高拱、张居正、高仪、冯保等人，让他们尽心辅佐皇四子朱翊钧。五月穆宗去世，时年三十六岁。六月十日，年仅九岁的朱翊钧在群臣拥戴下继皇位，以第二年（1573）为万历元年。这样，朱翊钧开始了他漫长的统治生涯。神宗在位初期（1573-1582），他只是名义上的皇帝，朝政完全掌握在辅政大臣、大学士张居正手里。穆宗陈皇后和神宗生母李贵妃，则在幕后操纵。一方是为自己讲课的师傅，一方是嫡母和亲生母亲，年纪幼小的神宗只能听从他们的意见，不敢自作主张，稍有越轨就会被训斥。不管神宗是出于对张居正的尊敬还是畏惧他的权威，但是神宗继位初期，确实是非常信任张居正的，可以说是言听计从。这种情形，为致力于改革的张居正提供了千载难逢的机遇，英雄终于有了用武之地。
