由于“中国青年反共救国团”在台湾几乎无事不可过问，无处不可插足，加上“救国团”在台湾青年中大肆鼓噪对“青年导师”蒋经国的个人崇拜，台湾社会各界甚至包括国民党内部亦有人对“救国团”“不过是国民党内新兴的所谓某一派，利用国民党的招牌，所公开做的培植私人自治资本的工具而已”！几乎是公开点了蒋经国的名。
在蒋介石的精心策划和全力支持下，蒋经国在党、政、军、青、特各条战线全面出击，放手抓权。短短几年时间，蒋经国就已在台湾国民党政权的核心层面站稳了脚跟，成为令人瞩目的新一代政治强人。
在蒋经国通过权力顶峰的过程有两人影响较大，一是台湾省主席吴国桢，一是陆军总司令孙立人。蒋经国迫吴国桢挂冠出走，以孙立人制造兵变为借口关押。其原因皆是不买太子账。
由于蒋经国的突然崛起，台湾国民党政权原有的政治格局被打破，新的均衡产生了激烈而复杂的权力纷争和再分配。虽然蒋介石偏安孤岛后不久即确定了父业子承、重建蒋家王朝的目标，并精心培养和强力扶植蒋经国全面接班，但是并非所有的元老重臣都买蒋氏父子的账，心甘情愿接受蒋氏家天下的独裁统治。蒋经国“接棒”之路，阻力重重，没有一番血的搏杀，过关斩将，“继承人”之位是无法确立的。
国民党内最早向“太子擅权”发难的，是蒋介石败亡台湾后一度曾十分倚重的两员大将：吴国桢、孙立人。吴、孙均为国民党政权中至为罕见的德、才、识均佳之人才，西方化较重，一为普林斯顿学院的高材生，一为弗吉尼亚军校的优秀毕业生，与美国朝野关系密切。国民党政权重建后，为了争取美国的支持和援助，蒋介石打出这两张“亲美牌”：任命吴国桢为台湾省主席兼保安司令，主政；任命孙立人为陆军总司令兼保安总司令，主军。一时间，台湾国民党的政治、军事上颇有一番新气象出现，吴、孙二人声威日隆。很快，他们便与正在蒋介石的纵容下四面出击、放手抓权的蒋经国发生了正面冲突。
蒋经国与吴国桢之间早有嫌隙。1948年蒋经国在上海督导经济改革，曾遭到时任上海市长的吴国桢的激烈反对，认为用高压的政治手段无法从根本上解决经济问题，最后蒋经国果真“打虎”失败，落荒而走。蒋经国没有从正面吸取教训，却把这笔账记在了吴国桢头上。到台湾之后，吴国桢虽然名义兼有保安司令部司令之职，但实权却掌握在早已投效到蒋经国麾下的副司令彭孟缉手中。对于蒋经国、彭孟缉在50年代初期，利用特务统治大搞白色恐怖的极端行为，吴国桢一直持有异议，曾屡次向蒋介石进言：“如钧座厚爱经国兄，则不应使其主持特务，盖无论其是否仗势越权，必将成为人民仇恨的焦点。”然而，培植蒋经国全面接班，是蒋介石的既定方针，吴国桢的诤言，自难入耳。用吴国桢《上蒋总统书》中的话讲：“此后钧座对于经国兄更加信任，不独任其控制特务及军队，且使之操纵党部并主持青年团。”在此情形下，吴国桢只能以辞职相对。
客观而论，对吴国桢的人品和才干，蒋介石还是颇为赏识和器重的，只是宠臣与爱子之间的是是非非甚难两顾。吴国桢回忆说：“我辞职，他派黄伯度传话，只要我愿意和经国合作，愿当行政院长，可当行政院长，爱当主席兼院长，悉由我挑。可是，我一概谢绝。”因为此时吴国桢已经看出：“钧座爱子甚于爱民，爱党甚于爱国。”卸职后月余，吴国离台赴美，从此远离了台湾政坛。
据传说，在“蒋主任”与“吴主席”格格不入，势同水火期间，蒋经国曾施暗杀手段恐吓过吴国桢。吴国桢挂冠离台，也一度被蒋经国留难，若非宋美龄从中相助，吴国桢恐怕早已无自由之身了。至于一年之后搞得沸沸扬扬、隔海骂战的“吴国桢事件”，更是以蒋经国为肇端。吴国桢忍无可忍，方才有“建议”：因太子已成台湾“政治进步之一大障碍”，主张送人美国“大学或研究院读书”，“在大陆未恢复之前，不必重返台湾”。实属“劫后余波”。
扳倒了吴国桢，另一个“敌人”孙立人就显得格外突出了。孙立人与吴国桢的情形有所不同，他非嫡系出身，从来就不曾得到蒋介石的真正信任和重用，只是由于孙立人在国民党军队中才华过于突出，军功显赫，加上背后一直有美国人撑腰，才未被蒋介石闲置。到了国民党败亡台湾，能否偏安孤岛，全系美国是不是支持和援助的关键时刻，蒋介石打出这张王牌，任命孙立人出任陆军总司令兼保安总司令，主军，向美献媚。但蒋介石对孙立人的戒心一刻也未曾放松。
孙立人是一位典型的职业军人，性格耿直，好恶分明，恃才傲物，卓尔不群。吴国桢与孙立人是至交，他曾举过一个很有代表性的例证说明孙立人是如何见罪于蒋介石：1949年，蒋介石赴台在高雄登陆，时任台湾防守司令的孙立人前往迎接，蒋介石劈头第一句话：“我在此地安全吗？”孙立人回答道：“由我们保护，有什么不安全？”后来，吴国桢告诉他：“你应该说，台湾是总统的地方，当然安全，为什么要说，你保护呢？”
当然，最后导致孙立人被“封杀出局”最重要的原因，还是因为他“不买太子的账”，公开反对蒋经国通过政工系统控制军队，要求撤销政治部，这无疑是犯了蒋家之忌。孙立人先是被解除了陆军总司令之职，剥夺了兵权。之后，又籍“孙立人兵变”的借口，软禁了他，剥夺了自由。孙立人成了第二个张学良。蒋经国“接棒”之路又减少了一重障碍。
但是，对于蒋经国来说，欲名实相符地承继父业，执掌国柄，还有一道必须逾越的“铁闸门”——台湾国民党政权的“法定继承人”陈诚。陈诚是蒋介石嫡系中的嫡系，一直深受蒋介石的信任和器重。国民党政权在大陆覆亡之前，他被蒋介石派到台湾来经营退路，出任省主席兼警备总司令，以后即稳定上升，由行政院长，而国民党中央副总裁，而“中华民国”“副总统”，成为“法统”的“准接班人”。从历史上观，陈诚从未有过背叛蒋介石的行为，更高人一筹的是，凡是蒋介石搞糟了事情，无法收场，无法下台，总是由陈诚主动站出来，代蒋介石受过。这也正是陈诚一直深得蒋介石赏识，地位稳固，在“黄埔系”中仅次于蒋介石的重要原因。
但是，陈诚并非没有任何政治野心。国民党大陆失败前后，由于陈诚主掌台湾军政大权，地位举足轻重，美国曾游说陈诚在台湾“自主”与大陆分离而独立。在美国的高压与诱惑之下，陈诚曾有过一段彷徨和犹豫。对于蒋介石赴台的“通知”保持了长达几日的沉默。但思忖再三，最后还是下定决心迎立“故主”蒋介石。对于陈诚的这一“反常”现象，蒋介石是有所警觉的。1949年5月蒋介石由大陆赴台湾，不在台北登陆，却出人意料地高雄上岸。《吴国桢八十忆往》一文中曾笔涉此一“蹊跷”：“1949年5月，蒋先生自舟山致电陈诚，告有赴台之行，陈在二十四小时内未行复电，蒋只好改从高雄登岸，因高雄市非陈的势力范围。”
陈诚第二次见罪于蒋介石，是在1958年第三次“总统”选举中。按照“宪法”规定，已连任一次“总统”的蒋介石已无再度成为总统候选人的资格，因此蒋介石放出“保护宪法”（意即不再连任）的试探气球，然而，陈诚不知深浅，竟信以为真，在冈山召集亲信，密谋接班布局，准备以“副总统”身份继任“总统”。不期然，陈诚的一举一动毕竟在蒋经国的监视中。从此，陈诚即成了政治上的废人，有职无权。
国民党偏安台湾后，蒋介石已下定决心把这最后一点江山传给嫡嗣，当然也就绝不会再允许他人凯觎。之所以还长期供着陈诚这尊神，而没有像对待吴国桢、孙立人那样彻底封杀出局，是因为蒋介石知道陈诚的身体状况，重病缠身，来日无多，对蒋经国的“接班”构不成实质性的威胁。
陈诚长蒋经国12岁，但少蒋介石16岁，他当然不能料想到，他竟会比蒋介石提早10年去世。1965年陈诚病故后，蒋介石亲笔书写挽联：“光复志节已至最后关头，那堪吊此国殇？果有数耶！革命事业尚待共同完成，意忍夺我元辅，岂无人乎？”蒋经国也有挽联云：“三十年导师中殂，忧国不忧身，少长皆令照肝胆；千万里疆土待复，为河亦为岳，涕洟原许负弓旌。”其中哀乐谁人知！
另外，还有一个能够对蒋经国“接班”之旅产生重大影响的人物，即“永远的第一夫人”宋美龄。由于生母毛福梅被黜的缘故，蒋经国一向对“后母”宋美龄敬而远之，心存嫌隙。1948年上海“打虎”失败，蒋经国更是永远无法原谅宋美龄的“背后插刀”。1949年，国民党败亡台湾前后，因为宋美龄赴美乞援，蒋经国得以随侍蒋介石左右，取代了宋美龄而成为蒋介石最主要的助手。1950年，在美滞留经年而一无所获的宋美龄返回台湾，蒋经国曾专程至马尼拉接驾，表现也异乎寻常的热情。宋美龄返回台湾后的职务是位高爵尊，但无实权。原来权威显赫的宋美龄的亲属们，也都远离了台湾政坛，在美国谋求生存和发展。“永远的第一夫人”仅是有名无实的尊称，昔日呼风唤雨、纵横捭阖的八面威风已不复存在，大权均操于蒋氏父子手中。1953年，宋美龄自作主张，私放吴国桢离台，曾引起蒋介石父子的不满。后来，宋美龄一度曾谋国民党副总裁之位，遭到蒋氏父子的一致反对，而未能成功。
当然，宋美龄仅仅是对自己大权旁落不满，时时与专权的太子为难，但对于蒋经国“父业子承”重建蒋家王朝并不反对，相反，往往在关键时刻还助蒋经国一臂之力。这点蒋经国是心知肚明的。因此，无论是蒋介石在世时，还是去世后，蒋经国与宋美龄基本上是相安无事而绝少正面冲突的。
蒋经国接着又出任蒋介石任主席的“国防会议”的秘书长，进而为“国防部”部长。1972年蒋介石提名蒋经国为“行政院”院长。
1954年，为了平息因吴国桢事件而引起的台岛内外对蒋经国“擅权”的普遍非议，蒋介石安排蒋经国调离“总政治部”，出任“国防会议”副秘书长的新职。
在台湾国民党政权的权力结构中，“国防会议”（后改为“国安会议”）是一个地位和性质极其特殊的机构，因人而设。主席由蒋介石自兼，主持日常工作的是秘书长。
因此，蒋经国由“总政治部”的前台淡出而转就“虚”位，名分不同，权力如旧，实际上是以退为进，成为名副其实的秘密警察头子。
1965年，台湾当局创立了“国军退除役官兵就业辅导委员会”，主任严家淦，蒋经国出任副主任代理主任。第二年，蒋经国扶正，全面掌管“辅导会”的工作。直到1964年，蒋经国就职“国防部”副部长，“辅导会”主任一职由赵聚钰暂代。蒋经国在“辅导会”一直干满8年。平心而论，8载“辅导会”主任，蒋经国可谓是尽心尽职，成绩也是较为明显的。对于国民党军队大批背井离乡、长年置身军旅、谋生乏术的退役官兵，安置失当，引发社会问题及至影响军心士气是不可避免的。
蒋经国利用自己的特殊身份与地位担当起此重任。年轻而志求学的，辅导就学；有工作能力的，辅导就业；需要休养的，使之休养；病苦的，使之就医。“辅导会”创办了医院、荣民之家、农场和工厂。经过8年的不懈努力，共安置退役国民党窘兵12万多人，生产收益达5。9亿多元。“辅导会”8年，是蒋经国极为自诩的一段“德政”。此一政绩也在很大程度上改观了他在台湾民众心目中的“恐怖人物”的形象，口碑平添，为蒋经国日后的高升奠定了良好的“民意”基础。
1963年，重病缠身的陈诚请辞所兼行政院长一职。由谁接任？蒋介石颇费斟酌。一个不争的事实，谁是陈诚的继任，那么谁就将是“法统”的“准继承人”。虽然，蒋介石早有“传子”之心，然而此时就由蒋经国接替陈诚，毕竟条件尚不成熟，还必须有一个过渡期，必须有一个过渡性人物。出于这样的考虑，蒋介石选择了台湾政坛名不见经传的严家淦担当此任。一时间，舆论大哗，各方面反应强烈。然冷静析之，又都觉“意料之外、情理之中”。
严家淦是个技术性官僚，长期在财政口任职，后来虽官至台湾省主席兼保安司令，然一无野心，二无班底，为人循规蹈矩，庸庸碌碌，万事不争先，“遇事推事”。严家淦对蒋父子一向忠心耿耿，俯首听命，从未有些许违意。把这样一个人物推至前台，谅不会构成对蒋经国日后接班的任何威胁。江南评点道：“台湾土地面积虽小，出将入相的人才，说得上济济一堂。蒋先生慧眼独钟，一个唯唯诺诺的严静波，不可否认，有私字的成分。”
平步青云的严家淦深知蒋介石的良苦用心：自己在台前，无非是过渡性角色，为太子“接班”做陪衬而已！因而，他“荣膺”阁揆博得虚名之后，第一件事就是秉承蒋介石旨意，提名蒋经国为“国防部”副部长，授太子以实权相报。
当时的“国防部”部长是蒋经国的儿女亲家俞大维，也是一位技术性官僚。俞大维有过颈部淋巴腺肿癌的病历，虽然美国医生以钴60放射治疗而消除，但仍需长期追踪观察。因此，每年都要离台赴美一二个月。蒋经国到“国防部”就任后，俞大维以“身体状况不佳”为由，几乎将一切要务均交付蒋经国办理，而且他赴美检查身体逗留的时间，也有意无意地延长。蒋经国拍板决定的事，俞大维在事后没有不认同的。第二年，俞大维审时度势，又直接向“行政院”院长严家淦转呈蒋介石“恳辞”“国防部”部长职务，并推荐副部长蒋经国自代。1964年1月13日，蒋介石正式发布命令，把蒋经国扶正。
坐上“国防部长”的宝座，蒋经国已彻底掌握台湾的军权。虽然根据台湾“国防组织法”，国民党军队的统帅权，一向由参谋总长和“国防部长”分享，然而自蒋介石开始，国民党政权的任何机构，官职的权限大小，均因人而异，蒋经国不过步其父后尘，他在哪个位置就任，权力重心也就偏移至哪里。如同蒋经国以副代正一样，蒋经国现在出任“国防部长”，参谋总长就成了他的幕僚。这也是约定成俗的“惯例”！
蒋经国就任“国防部”部长的第二个月，陈诚病故，蒋经国心里的最后一片阴影消除。1966年严家淦在蒋经国的精心安排下，“竞选”副总统成功。蒋经国的“接班”之路已全部铺平。“承继大统”仅仅余下时间问题。
蒋经国“国防部”部长任职，始于1965年1月，止于1969年6月，历时4年又5个月。蒋经国行事作风与其父不同，事无巨细，均亲自体察，事必躬亲。举凡各种军事会议、军事布防、调动、校阅、演习以及军事将领的升迁调配，蒋经国无不一一过问，严格掌握。他还经常深入各军事基地、营区以至军事前沿阵地巡视，牢牢地控制着“枪杆子”为蒋家所用。
