后妃对守成帝王的悉心辅佐也是王朝兴盛的一个至为重要的因素。她们在重大的政治问题上很有主见，能协助皇帝全面权衡，对朝政多有匡补，而且从不为娘家人谋私利，深得后人敬佩。马皇后帮助明帝解决重大政治问题：长孙皇后是唐太宗的得力助手；武后参理朝政，建号称帝；徐皇后协助明成祖夺天下；张皇后经历六朝安邦定国；阔阔真帮助皇帝定策，贤德闻名。这些皇后因佐理有功，被称为“女中尧舜。”
马皇后举止端庄，不苟言笑。少年忧患，养成她严肃不苟的性格。在以后的政治生活中，她以其丰富的人生经历及才学，对一些重大政治问题的解决起了积极的促进作用。
永平十三年，发生了楚王英狱。刘英喜欢游侠，交通宾客，更喜黄老、佛家之言。永平十三年，燕广告发刘英与渔阳人王平、颜忠造作图书，准备谋反。明帝派人前去调查。调查结果，谋反罪状属实，依法严惩。有关部门秉承明帝意旨，追查刘英党徒，大搞逼供信，互相牵引，受连累的人不计其数。刘其生前喜欢结交朋友，朝中官员大多与他有所来往，因此朝野上下，一片惶恐。
看到案件有无限扩大的趋势，马皇后十分忧虑，乘机进言道：“大的政治案件，容易牵连无辜。楚王英案中不能没有冤枉。楚王英喜欢交游，官员多是他的朋友，但这些人不一定都知道他谋反。陛下逮捕许多无辜的人，大家都惶恐不安。朝廷如此，陛下又如何去治理国家？”明帝觉得皇后说得非常有道理，立即命令有关部门，对楚王英一案重新审理，能宽大的尽量宽大。这样，使本来惊恐不安的官员们的情绪稳定下来。统治阶级内部本已紧张的矛盾有所缓和。
通过这件事，明帝对马皇后又有新的认识。她不仅勤俭、谦逊，对重大政治问题也很有主见。自此以后，明帝每逢朝中大臣们为某一问题争论不休难于定夺时，散朝后回到宫中总是和马皇后继续商量。马皇后仔细分析，全面权衡，娓娓而谈，总会使问题有明确的、妥善的处理办法。对国家大事，她常常主动发表意见，对朝政多所匡补。但是，她从不利用自己的地位，为娘家牟取私利。所以明帝对她更加敬佩。
永平十八年，汉明帝逝世，皇太子刘火旦即位，是为章帝。马皇后也被尊称为马太后。明帝刚逝世，太后弟弟马廖、马防、马光自认为是皇帝国戚，不顾国家法令，私闯宫门，强行入宫吊丧。北宫卫士令杨仁拦住宫门外，马廖等到章帝那里诉苦，章帝告诉马太后，太后赞扬杨仁说：“杨仁执法不阿、不避贵戚是国家的忠臣，社稷的柱石。”章帝于是更加重用杨仁，提拔他为什邡令。
建初元年（后76年），为报太后的养育之恩，章帝要加封太后的弟弟们为侯，被太后阻止。第二年夏天，全国大部分地区都发生了严重的旱灾，有些会讨好的官员就联名上书说：“天久旱不雨，是由于陛下不封外戚引起阴阳失调。”马太后听说，非常气愤，下诏说：“这些上书的人都想献媚于我以谋求晋长，他们讲的理由毫无根据。高祖有誓言在先，无军功者，非刘氏不得封侯。现在我的兄弟们于国家无功，怎好与中兴阴、郭皇后的亲戚等同呢？”然后对章帝说：“最孝顺的儿子，应该让父母安心。如今天气反常，农业歉收，粮价飞涨，人民生活困难。匈奴又加紧寇边。内忧外患，我昼夜难眠。而你却把帝舅当着大事，不是违背了慈母的拳拳之心吗？我脾气刚急，胸中有气，不可不顺。”一席话，说得章帝哑口无言，封侯的事也只好暂时搁起。
为了倡导生产，马太后还在宫中置织室，在濯龙园中植桑养蚕。建初四年，由于政府的重视和劳动人民的艰苦努力，加上风调雨顺，全国获得好收成，天下太平。章帝遵前约，又提出封马寥、马防、马光为列侯。太后仍然辞让，马氏三兄弟也不愿就封。但这次章帝一再坚持要封三个舅舅。三人不得已，受封列侯而退去官俸回家闲居。受封前，太后将兄弟三人召到面部，嘱咐说：“我年轻少壮时，时时提醒自己，居不求安，食不贪饱，兢兢业业，希望以身作则，把国家治理好，以不负先帝的遗愿。也希望以此影响你们弟兄，共承此志，使归天之日，无所遗恨！”
作为太后，能如此深刻地认识到外戚势力对政治的恶劣影响，能清醒地看到娘家的缺点和弱点，能坚持己见，努力抑制外戚势力的膨胀，在历史上是不多见的。
