两京收复后，李亨下诏命郭子仪回到洛阳筹划出军向北讨伐。那时，安庆绪等已逃往河北，据邺郡（今河南安阳市）等七个郡六十余城，有兵六万，仍是唐的劲敌。乾元元年（758年），郭子仪在河上打败了叛军，活捉敌将安守忠，献俘京城，朝见皇帝。李亨下诏命令文武百官到长安东门的长乐驿迎接，他自己也在该地的望春楼等郭，一番热闹的庆功之后，晋升郭子仪为中书令，让他做了货真价实的宰相，辅佐天子掌大政。
至此，郭子仪以军功位至极品，处于一人之下、万人之上。他对皇帝、社稷是越发地忠心耿耿了。但是李亨在获得苟安之后，却对功臣将帅猜忌防范到寝不安席，食不甘味的地步。他曾问谋士李泌，郭子仪、李光弼现在都做了宰相，将来平定天下，再没有官可赏，该怎么办？李泌建议说，把官与爵分开，“官以任能，爵以酬功”，赏功臣用爵不用官。因为用官赏功有二害，“非才则废事，权重则难制”，意思是因功得官的人如果没有才能则不能当其官任，而有才的权势太重则皇帝难以驾驭。李亨听了觉得有理，但他后来毕竟没有采用李泌的建议，因为他这个新朝的功臣谋士实在太少，他一定要用高官厚禄来刺激人们报效朝廷。为防功高震主，他重用李辅国、鱼朝恩这样的宦官来监督牵制朝廷文武，在唐玄宗设立的宦官监军恶例外，又新创一个更大的恶例——设观军容使，即宦官监军的最高职衔，使宦官的势力大大扩进了一步。
乾元元年，李亨晋封郭子仪后，当即下令调发九个节度使的兵力讨伐安庆绪。这九个节度使是：朔方节度使郭子仪，淮西节度使鲁炅，兴平节度使李奂，滑濮节度使许叔冀，镇西、北庭节度使李嗣业，郑蔡节度使季广深，河南节度使崔光远，河东节度使李光弼，关内泽潞节度使王思礼。李亨借口郭子仪、李光弼都是元勋，谁统帅谁都不合适，所以就用鱼朝恩来做统帅，称观军容宣慰使，而在九节度使的六十万大军中不设主帅。
郭子仪从杏园（疑在今河南荥阳县北黄河畔）渡过黄河，在获嘉（今属河南）打败了安太清。安太清退保卫州（今河南卫辉市），郭子仪进兵围之。安太清派人到邺郡向安庆绪求援。安庆绪亲率七万人马分上、中、下三军来救。战斗就要开始了，郭子仪挑选了擅长射箭的三千名士兵埋伏在营中，嘱咐他们说：“等我率兵佯退，敌人一定来攻占营垒，你们要一边呼喊，一边放箭。”部署完毕，战斗开始了，官军假装败逃，叛军逼近营垒，营中埋伏的射手一齐出来，箭如雨点般向敌人射去。敌人被这突如其来的攻击吓住了，官军却斗志昂扬，愈战愈勇。这一战，杀死敌人四万、夺得头盔衣甲几十万，活捉了安庆绪的弟弟安庆和，收复了失地。卫州之战大捷。
收卫州后，安庆绪向北逃走，郭子仪率军乘胜追击，在邺城西南二十里处的愁思冈（今河南安阳市西南），与敌军大战，又一次获胜，安庆绪失败逃走，龟缩到了邺城里面，坚闭不出。
乾元二年，鱼朝恩聚集九节度步骑兵六十万围攻邺郡城。官军引邺城之北的漳河水灌城，淹了两个季度，攻不下来。邺城中的粮食吃完了，相传还出现了人吃人的局面。官军也因为围城日久，缺乏统一指挥而上下解体，责任不明，再加上粮食不足，士气十分低落。这时，史思明亲率的援军从魏州（今河北大名县东北）赶到，与李光弼、王思礼、许叔冀、李嗣业、鲁炅等统领的前军相遇，在邺城城南大战，敌我双方损失惨烈，李嗣业、鲁炅二位将军被乱箭射中牺牲。郭子仪统领的后军还没有来得及参战，正碰上刮起了倒屋拔树的大风，沙尘弥漫，天昏地暗，一步之外互相辨不清面目。交战的两军都大惊溃散，唐军向南，史思明军向北。一路上唐军遗弃甲仗辎重无数。郭子仪率朔方军到洛阳，准备保卫东京，李光弼、王思礼两节度使各引本部归镇，其余节度使和溃兵纷纷逃回本镇。史思明收集溃军，又回到邺城，杀害安庆绪，兼并了安庆绪的土地和人马，自称大燕皇帝。
邺城唐军的大溃败，完全是李亨错误用人的结果。试想鱼朝恩这样的宦官指望什么来统帅大军呢？战争的失败结局是可想而知的了。但是，鱼朝恩为了推卸自己的责任，再加上他平常就嫉恨郭子仪的功劳，因此，一味地在李亨面前诋毁他，说他是邺城之败的罪魁。所以，李亨越发地疑神疑鬼，当即把郭子仪从东都洛阳召回，罢了他的兵权，把他牵制在京城里，另用赵王为天下兵马元帅、李光弼为副元帅，代替郭子仪统帅朔方军。
史朝义等叛军得知朝廷猜忌郭子仪，真是喜出望外，进犯的气焰十分嚣张，不多久就又攻占了河南、洛阳等地。西北方面的党项等部族也侵扰到京城附近，李亨陷于焦头烂额之中，常常忙得顾不上吃饭。不得已时，他下诏命郭子仪为诸道兵马都统，率领英武、威远禁军和河西、河东镇兵去捣毁史思明老巢范阳。这道诏书已经下达，但被鱼朝恩阻止，没有实行。鱼朝恩一心想在皇帝面前贪功卖好，所以，他在压制郭子仪的同时，屡屡敦促李光弼与敌军决战。当时，李光弼正和史思明在河阳（今河南孟县）对峙。史思明设计，派人散布说史思明的军队都是北方人，都怀念乡土，一点斗志都没有。鱼朝恩信以为真，上奏李亨出兵。李光弼却认为敌人锐气正盛，不能轻易出击。可是最终抵不过李亨的意志，只好自率大军出师北邙（今洛阳城北）。敌人据守在高原上，见官军出击，丢下东西佯退。官军贪拾财物，中了敌人埋伏，大败。河阳失守。
昏君无能，奸佞当道，唐朝在内忧外患中又过了一年。宝应元年（762年），河中（今山西东南部地区）节度使部因粮食不足，又无从聚敛，军心不稳。军中突将王元振利用军士们的怨愤情绪，煽动作乱，放火烧节度使衙门。节度使李国贞仓促躲在监狱里，被王元振寻获，处死。另外，还杀了他的两个儿子和一员大将。与此同时，太原府尹邓景山因治军刚严，少恤下情，引起军士哗变，为部将所杀。李亨担心这两支军队和史思明的叛军联合，又考虑到新提拔的将领威望轻不足号令大军，这才又任命郭子仪为朔方、河中、北庭、潞仪、泽沁等州节度行营，兼兴平、定国副元帅，进封他为汾阳郡王，让他屯兵绛州（节度行营驻所，治今山西新绛县）。这时候，李亨已经患病，不见下属。郭子仪请求说：“我接受皇上的委任，外出将兵，很可能死在疆场，不见帝一面，死不瞑目。”李亨把郭子仪召到卧室，对他说：“河东的事全托付给你了。”虽然这是皇帝的无奈之言，郭子仪还是由衷感激，很快到了绛州，杀了带头作乱的首恶分子王元振等十几个人，太原府的一个大将也依法处治了杀害邓景山的人。自此，各镇将军都小心谨慎，不敢轻举妄动。
这时，李亨已经病逝，长子广平王李豫，经过一番宫廷内的皇位争夺，在宦官程元振的帮助下登基，是为代宗。
这一年的八月，郭子仪自河东还京都。程元振以为自己是新皇的辅弼大臣，担心老将不好驾驭，就千方百计地挑拨离间。李豫听信谗言，罢免了郭子仪副元帅的职务，给他增加了七百户的封邑，让他做肃宗李亨山陵使，办理肃宗墓葬事宜。郭子仪察觉到皇帝的疑虑，为了剖示自己的忠谨，就将当年代宗为广平王时和他一同收复两京的一千多封书信集中起来，呈给皇上，并上表叙述了自己与代宗同甘共苦、共济国难的战斗历程，表明了对国家忠贞不二、谨慎谦逊的态度，同时也申明了他畏惧谗言的苦衷。李豫阅后，非常惭愧，表示仍然要重用他，但是每当遇到鱼、程二人的诽谤非议，他重用郭子仪的想法就又动摇了。不到情势危急、师出无人时，他都不委予郭子仪以重兵。
这时，唐朝诸镇兵乱又起，一些节度使拥兵自重，朝廷的一点不周到或诸将之间的不和，就挟兵权以令天子。官军内部不团结，吐蕃又大举侵扰，最近的时候已打到奉先（今陕西蒲城县）、武功（今属陕西），直接威胁到京畿的安全。朝廷赶紧下诏征调援兵，诸功臣痛恨宦官程元振的擅权横行，没有人奉诏，连李光弼也不发兵来援。李豫这个时候才又想到郭子仪，即刻任命他为关内副元帅，镇守咸阳。
可是郭子仪自从邺城九节度兵败之后，回京已被剥夺兵权了，亲随的军队大都离散，到接受诏命的时候，手下只有几十个骑兵，只好征集民间的马匹补充军队。到了咸阳，吐蕃的军队已经渡过渭水，沿着终南山东进。李豫听说，赶紧逃往陕州。郭子仪得知皇上奔陕，流下了眼泪，督领人马返回长安。这时长安城里一片混乱，甚至有几个官军将领劫持了亲王想要投降敌人。郭子仪一到，立刻高张旗帜，稳定军心，散兵游勇都被整顿收编起来，屯兵商州（今陕西商县）。接着他又派手下的将士到处张设旗帜，击鼓喧山，夜里还点起千千万万的火把灯笼来迷惑敌人。城里的老百姓看到王师就在近前，也时常于夜间鼓噪而呼：“郭令公来了！”吐蕃军队素知郭于仪威名，又见其旌旗火把不计其数，吓得连夜引军出城。郭子仪又一次收复长安。
郭子仪收复长安一个多月，原来跟随他讨伐安禄山的部将仆固怀恩拥兵叛唐。仆固怀恩是铁勒部人，英勇善战，功绩较多，郭子仪曾据此在皇上面前为他讨封，请解自己副元帅的职务给仆固怀恩，勉励他扶助雍王李适（gua，音瓜）讨伐史朝义。史朝义败后，他官至中书令，封大宁郡王。但是，由于朝廷对功臣的猜忌，对强横不法的武夫姑息迁就，仆固怀恩逐渐起了分裂割据的野心。广德二年（764年）正月，他与河东都将李竭诚密谋攻取太原。兵至并州、汾州的属县，河北等地的许多将士奏请皇帝让郭子仪挂帅征讨，理由是仆固怀恩部下的将士多为郭子仪旧部，如果让郭子仪代替仆固怀恩的地位，朔方将士就会归顺朝廷。于是李豫就让郭子仪兼任关内、河东副元帅，河中节度使。仆固怀恩的儿子仆固砀驻扎在榆次（今属山西），不几天被帐中张惟兵杀死，张把他的人头送到长安，并带领人马归顺了郭子仪。仆固怀恩闻讯大惊，扔下他的母亲逃到了灵州（今宁夏灵武）。八月，郭子仪自河中入朝，这时泾原镇（今甘肃泾川县）忽报仆固怀恩诱引吐蕃、回纥、党项数十万人马入侵。朝廷惊恐万状，下诏命郭子仪屯兵奉先。李豫问郭子仪有什么好计，郭子仪回答说：“没有什么了不起，仆固怀恩本来是我部下的偏将，虽然刚毅勇敢，但不得军心。现在能够作乱，是因为他引诱一些想回长安的人，劫持他们一起来，这些人又都是我过去的属下，平时我以思礼和信义对待他们，他们怎么能忍心和我兵刃相见呢？”李豫听了深以为然，一颗心慢慢放了下来。敌人侵入邻州，郭子仪遣其子郭唏领兵救之，大败敌军。仆固怀恩领回纥、吐蕃进逼奉先，将士们都请求出击，郭子仪分析说：“敌军深入内地，利在速战，况且对方军阵中的许多人都还感念我过去给他们的好处，我们坚守缓和一下，不立即和他们交战，他们就会分崩离析。”果然不出所料，数日后敌军无心恋战，鸣金撤逃。这时郭子仪才令李怀光追击，又一次大获全胜。
仆固怀恩用汉兵不能取胜，就转而去联络吐蕃、回纥、党项、羌、浑等西北方部族的力量。永泰元年（765年）他带领各族联军三十万进入醴泉、奉先，京城吏民大受震动。于是李豫赶快加强防御，又把郭子仪放到军情紧急的泾阳驻扎。当时，郭子仪只有一万军兵。等他到了泾阳，敌军已完成了对泾阳的包围。郭子仪部署诸将独挡一面，自己率领铁骑二千在阵中出入往来。回纥看到一个威风凛凛的老将军叱咤风云的样子，觉得奇怪，打听说：“这是谁啊？”待知道是被人尊称为令公的郭子仪，回纥吃了一惊，说：“郭令公还活着？仆固怀恩说唐朝皇帝已去世，郭令公也死了，中国无主，所以我们就来了。郭令公现在活着，唐天子也在吗？”回答说：“唐天子非常健康”。回纥知道上当了，所以只屯阵不出兵。郭子仪派使者去劝说道：“前几年回纥不远万里来和唐朝一起讨伐大奸大恶的安史父子，帮助唐朝收复两京，与我们同甘苦共患难，现在你们却抛弃了过去的友谊，去帮助叛臣仆固怀恩，仆固怀恩背叛朝廷，连自己的母亲都不要，你们帮助这样的人有什么益处呢？”回纥说：“本来听说令公已经去世，不然的话，怎能到中原来。如果现在郭令公真的活着，我们可以见一见吗？”郭子仪闻见事情有了转机，就要去见回纥。左右的官员纷纷拦阻，以为回纥心性不准，见面危险太大。郭子仪说：“敌人的兵力胜于我们几十倍，要说危险，这样对峙着就不危险吗？我现在要去说服他们，以我的诚心改变这种局面。”部下请求用五百骑兵做随从，郭子仪也不同意，当即派使者通知回纥说：“郭令公来了。”敌人拉满弓弦搭上箭等在那里，郭子仪却只当没看见，他摘下头盔，与回纥首领行礼如仪，接着笑声朗朗地说：“我和列位同甘苦共患难好长时间了，老朋友怎么突然不讲情谊啦？”回纥首领和部将们见郭子仪如此言行，都纷纷放下武器，下马磕头说：“果然是我们崇敬的人。”郭子仪当即请过大家，一起饮酒，送给他们锦缎缔结友谊；又根据战争形势，动之以情，晓之以理，联络回纥攻打吐蕃。这时军中忽传仆固怀恩病死进军途中，各族联军失去了统一指挥，阵脚大乱，回纥于是采纳了郭子仪的建议，准备击吐蕃而与唐修好。吐蕃觉出不对，连夜领兵退去。郭子仪领本部并回纥军马跟踪进击，在灵台西原打败了吐蕃的十万军队，斩首五万，俘虏了一万敌人，把被吐蕃抢走的男女人口、牛羊马匹、骆驼粮食全部夺回。郭子仪只身入敌营，使回纥毁盟弃约，共击吐蕃，使唐王朝转危为安，人民免遭涂炭，一时间朝野上下均称颂他的功劳业绩。
