崇祯二年，被贬为民的阮大铖，为避农民军，移居南京库司坊石巢园。时人厌恶他的卑劣行径，将库司坊诨称为“裤子裆”，呼阮为“裤子档里阮”。人们不愿与他为邻，纷纷搬离，库司坊非常冷清。
在石巢园里，他蓄养了80多名婢仆，还有一个在南京城里堪称一流的戏班子，专门排演他编写的《春灯迹》、《燕子笺》、《双金榜》、《牟合尼》等剧目。又精心布置石巢园：春有桃花坞，夏有白石小筑，秋有枫叶亭，冬有梅屋，设计精巧，美不胜收。表面上，阮贼随遇而安，终日神仙一样逍遥自在。实际上，野心勃勃的阮大铖，并没有自甘寂寞，时刻梦想翻案，经常派出爪牙刺探情况，等待时机，以求一逞。
继东林之后，又兴起一个新的政治团体——复社。明末组织文社的风气很盛。起初，复社仅仅是个“以文会友”的文社。崇祯二年，江南太昌人张溥、张采合并江北匡社、中州端社、松江几社、莱阳邑社等8个文社组成复社。崇祯三年，南京乡试，复社中有很多人中举。时人认为加入复社易中举，于是入社人数猛增，最多时达数万人，东林子弟几乎都加入了。复社实际上成了在野的政治团体。复社的兴盛，成为阮大铖心腹之患。为了与之抗衡，便在南京组织了群社。不料应者寥寥。阮先以金钱美女收买国子监的太学生不成，转而网罗老朽陋儒，一面以进士身份谈孔孟、论时事，一面散银两、施恩惠。一番苦心，几经周折，冷落多年的石巢园终于宾客盈门了。复社深知阮贼将来必成祸患，为挫败他，便散发由吴次尾起草、黄宗羲等140多人签名的《留都防乱揭贴》，历数阮贼罪状，使其野心秽行路人皆知，连3尺孩童见其过市也追着唾骂不止。石巢园无人敢去，阮氏也只好偃旗息鼓，龟缩园内，再做他图。
这时，阮与马士英是最好的朋友。马士英，字瑶草，贵阳人。万历四十四年与大铖同中进士。曾任知府等，坐事被黜。为避农军，流窜南京，别图生计。大铖知逆案难翻，但士英却可能有出头之日，他日可用。故待士英极厚，两人情同父子。
崇祯十四年，周延儒任内阁首辅，大铖素知周之贪蠹，有隙可乘，便带巨款登门拜访，恳求其推荐起用。周深知阮为逆案挂名之人，碍难起复。大铖转为士英求官，周答应有机会一定成全。并安慰大铖：“瑶草复起，是即大铖复成也。”这正是阮为马奔走的目的。第二年，周不负阮氏所托，寻机将马士英提为兵部左侍郎、左佥都御史，总督卢州、凤阳。马官运亨通，又兵权在握，阮本来比他年长，但正是求人之时，便处处小心，事事逢迎，不顾羞耻，称马为“老公祖”。马也不负大铖，知恩图报，对阮言听计从，并发誓一旦掌握大权，必先提拔大铖。阮大铖阴谋得逞，终于借马尸还魂，有马在朝，大铖心境稍宽，翻案复出之念更强。经多年观察揣摩，阮大铖发现崇祯帝反复无常，疑心很重，十五、六年间，竟换了四、五十个宰相，一会儿任用东林党人，一会儿反对东林党人。他敏锐地嗅到重翻逆案的可能，象吸足了鸦片的烟鬼一样，劲头十足地到处奔走。送礼行贿，结纳权贵。极力讨好握有兵权的黄得功、刘泽清等人，笼络诚意伯刘孔照、忻城伯赵之龙，与皇族朱统濒称兄道弟。又与南京守备太监韩赞周结成至交，后京师陷落，大批宦官逃至南京，大铖通过赞周，广为交纳。至此，气候大为宽松。阮氏便想从地下转入公开。十六年春，孔子仲春丁期，他凭借进士身份到文庙祭孔。不料一到文庙，就被太学生围住，“打烂阮胡子”的喊声四起，黄宗羲为报父仇带头把阮贼痛打一顿。阮仗着身体好，又有两手武功，才得以逃脱，匆匆到马士英处告状诉苦，马劝他暂时忍耐，待有利时机再图报复。
崇祯十七年三月十九日，李自成攻破北京，崇祯自缢煤山。明中央残余势力迅速集结于南京。国不可一日无君，择立新君，迫在眉睫。但皇太子下落不明，可供选择的只有神宗的侄儿潞王朱常和神宗的孙子福王朱由崧。当时二人都在淮安避难。立谁为君，朝臣分歧很大。由崧的父亲朱常洛、母亲郑贵妃是被东林党人逼迫就藩洛阳的。后来常洛又被李自成做了福禄酒下肚。由崧与东林党有世仇，立他必然对东林党不利。况且由崧“不孝、虐下、干预有司、不读书、贪、淫、酗酒”，不堪为君父。所以史可法等东林党人极力反对立亲，主张立贤，拥戴潞王。而阮与马都看好朱由崧这一棋子：其一、由崧与东林的世仇可用，对压制东林重翻逆案有利；其二、马士英对由崧有恩，拥戴他，马氏必然得宠；其三、由崧昏庸无能，马、阮日后可专权。为达拥立由崧的目的，马、阮阳奉阴违，表面附和东林以麻痹对方，暗地里却串通宦官、勋臣和握有兵权的黄得功、刘泽清、刘良佐、高杰等，以“立亲则一，立贤则乱”为由，推戴由崧。马士英又亲率大军，拥由崧来南京。东林党人被打了个措手不及，被迫让步，但只让由崧监国，不许登基，虚帝位以待太子。崇祯十七年五月，由崧监国。随后会推阁臣，马士英拥立有功，升东阁大学士兼兵部尚书、都察院右都御史，仍总督凤阳；史可法仍为东阁大学士兼兵部尚书；姜日广为东阁大学士兼礼部尚书。马士英等保举阮大铖，被驳回，只好暂时作罢。
有拥立之功而没捞到一根稻草的阮大铖，仍野心不死。转而大肆送礼，请托求情，希望诸大臣能在由崧面前多多美言，再为保荐。由崧终于动心，想启用大铖。但朝臣纷纷上疏反对，阮的努力再次化为泡影。
经过几番较量，阮、马更清楚地认识到：马土英独揽朝政、阮大铖翻案复出的最大障碍是东林党人。而要想打击东林党必须先从史可法开刀，正所谓擒贼先擒王，但史可法为东林领袖，在南京朝臣中素有厚望，非假由崧之手难以成功。因此，拥由崧登帝位以固宠，就成了决定性的一招。于是他们便策动并伙同勋臣贵戚上，劝进表，共同拥戴由崧称帝。5月15日，由崧未经百官朝仪，便祭天地社稷，擅登帝位，以明年为弘光元年。史称弘光帝。
为排斥史可法，早在由崧称帝前，阮就托群阉向由崧重提当年东林党人“迫害”福王和郑贵妃旧事；马士英又把史可法关于由崧“七不可立”的信拿给由崧看，马还指使他的亲信高杰、刘泽清上奏章，督使史可法去淮、扬督师。旧恨亲仇使由崧登帝位后，立即诏令可法到淮、扬督师，将其排斥出朝廷，马士英为内阁首辅。此后，阮、马便全力以赴策划翻案。
阮知直取难胜，便与马商定迂回之计。外由马士英假装公允，为阮大铖涂脂抹粉，说阮“熟谙用兵之道”，“迎立福王有功”等等；内由韩赞周等群阉在弘光帝前交口盛赞大铖才华。真是秦末有四面楚歌溃项羽，明末有八方赞语助阮逆。阮大铖又及时上“守江策”，陈“三要”、“四合”、“十四隙”疏，显示才华，并自称“孤忠”，为东林所害，痛骂左光斗，指斥魏大中等为大逆，以博得弘光帝的同情和好感。
在马士英和阉党的竭力保荐下，当年八月，下诏启用阮大铖为兵部左侍郎。不久又兼右佥都御史，巡阅江防。后又转左侍郎。第二年又晋兵部尚书，兼右副都御史，仍阅江防。至此，近20年的逆案被推翻，阮大铖扬眉吐气，南明弘光王朝的丧钟敲响了。
