东山再起的阮大铖幕后策划，权倾朝野的马士英台上逞凶，二奸沆瀣一气，置国家危亡于不顾，加紧结党营私，“日以锄正人引凶党为务”。他们内倚宦官田成，外结勋臣刘孔照、朱国弼、柳祚昌、镇将刘泽清、刘良佐等，大肆诋毁排挤忠良，吕大器、高弘图、徐石麒等先后被罢归。逆案挂名之人依次启用，又将得罪前朝的张孙振、袁宠勋等人置于言路，用为爪牙。阮又效法魏忠贤，恢复东厂缉事，重新翻刻《三朝要典》，作续《蝗蝻录》、《蝇蚋录》、以东林党为蝗、复社为蝻，附和东林、复社者为蝇为蚋，用以打击东林复社。还多次借端兴冤狱，企图将“生平不快意之人一网打尽”。
北京陷落后，一些朝臣名士投降了李自成的大顺政权，其中有东林党人。阮大铖便伙同马士英等人把降者分六等定罪。由于李自成国号曰“顺”，又巧与逆案相对，故命名顺案。正如史家所言：顺案的成立，完全是为着报复。
阮大铖、马士英的倒行逆施，引起一些朝臣的强烈不满。湖广御史黄澍愤然上疏，请斩马士英。阮大铖乘机诬陷周镳、雷縯祚是主谋，于是又兴雷、周冤狱。周的叔、伯都名列逆案，镳深以为耻，便广交东林人士。镳主持复社时，曾以阮为下酒物，骂阮最凶，又参与讨伐阮《留都防乱公揭》事，与大铖结下仇恨。而雷原是阮的朋友，阮名挂逆案后，多次来访，雷不肯见。一次阮携酒来访，雷跳墙躲避，并故意置逆案于几上，羞辱大铖。阮早欲除此二人，便再次玩弄借刀杀人的手段，他对马士英说：“史可法是同谋，而周、雷是主谋，他们日夜都想对付你。不打击南昌的姜日广，就无法杀周、雷；不杀周、雷，就无法封住朝臣的口；不封住朝臣的口，东林谋害你就没个完。”马士英怒火中烧，便罗织“反对福王”、“谋立疏藩”、“别图拥戴”的罪名，将姜日广罢归，周、雷交刑部治罪。此案殃及士大夫及七郡清流，受害者达72人之多。阮仍不解恨，又将复社诸生吴应箕、黄宗羲、陈贞慧、侯方域等逮捕，以报《留都防乱公揭》之仇。不久南京难发，他们才得以幸免。
12月，有个叫大悲的和尚，出语癫狂，行踪可疑，被下锦衣卫狱。供称先帝时封为齐王，又说是吴王，还说见过潞王。供词涉及申绍芳、钱谦益等人。于是，大铖伙同杨维垣，令张孙振严刑逼供，妄想借机兴大狱。指使人在大街小巷遍张匿名揭贴，又伪造十八罗汉、五十三参之目，写上史可法、高弘图、姜日广等东林党人和复社人名，藏在大悲袖内，企图把东林复社一网打尽。而此时高弘图、姜日广早已被罢官，阮贼竟非置之死地不可。连早已跟他和好并帮他翻案复出的钱谦益也不肯放过，足见其蛇蝎心肠。由于大悲供词与东林复社无关，马士英又怕结冤太深于己不利而将大悲弃市，阮才未得逞。
左良玉，出身行伍，因军功被东林党人由普通士兵提拔为将军，后被封侯，视东林党人为知己。阮大铖、马士英对他又恨又怕，一心想挫垮他。阮唆使马士英对左阳奉阴违，明里讨好，暗里私扣军饷，并严加防范，引起左良玉强烈不满。酿成“左军东下”到南京就食事件。阮又向马献计，让福王由崧命左率20万兵入川追击张献忠，以便消耗他的兵力。这是阮贼复出以前的事。1644年11月，清兵已席卷豫北，深入山东，拒绝与南明议和。马急召阮商讨对策，在民族危亡的紧急关头，阮仍把左良玉当做头号敌人，让马沿江筑城堡防范左兵，进一步激化了与左的矛盾。受阮、马迫害从南京逃来的东林党人，对阮、马卑劣行径的控诉，如火上浇油，左良玉决意铲除阮、马。次年3月，南京又出了“真假太子案”，在阮大铖主持下审明系驸马侄孙王之明假冒。人们出于对阮的不信任，都认为太子是真的，甚至有人认为弘光帝也是假的，朝野哗然。左良玉借端发难，上书请“保全太子”。随后率30万大军沿江急进，声称“清君侧”，讨伐阮、马。当时两淮告急，清兵前锋直指扬州。面对内忧外患，阮向马面授机宜：“清是外邦，大不了割地求和，他们要金帛美女，给之；要半壁河山，给之；如以父皇帝自居，尽可尊之。即使兵临南京，我们还可迁都杭州”。马士英遂不顾淮、扬之危，调兵遣将，集全力抗击左兵。左良玉途中病故，其子秘不发丧继续东进。4月12日，阮亲自率兵同左军决战，15日大胜而归，加封太子太保。史可法率部急返扬州，但为时已晚，扬州陷敌重围，众寡悬殊，史可法屡请增援，马、阮坐视不救，阮还为马打气，说什么：“我们主持国政的人，必须有一副铁铸心肠，宁可咬咬牙学‘壮士断臂’，决不可学‘妇人之仁’。目前重要的是歼灭左兵残余，决不可增援扬州。”结果扬州陷落，清兵屠城10日，城内80万人被杀，史可法等壮烈殉国。就阮大铖的人格心术而言，他屡次加害史可法不成，这次想假清兵之手除史可法也未可知。
