翁同龢的父亲翁心存曾担任同治帝的老师，他去世后，皇太后出于优礼慰勉之意，命翁同龢继承父亲的遗志，继续辅导年幼的同治帝读书。弘德殿乃是穆宗同治皇帝的读书之地，同治元年（1862年）翁心存、祁郡藻等担任穆宗的“师傅”，就是在弘德殿教读的。现在两宫皇太后再把翁心存遗下的“师傅”之任交给了翁同龢，谕旨中还叫他“勉承先人未竟之志”。这一分异常的恩礼，真可说是难得的“殊遇”。翁同龢此时30岁出头，真是年轻的帝师，但他教学有方，深受小皇帝的喜爱，也颇为两宫皇太后看重。俗语云：“枪打出头鸟”，教学的成功给他带来了欢乐，也带来很多麻烦和苦恼。从资历上看，他入值弘德殿时间较晚，年龄又小，因而引起了“满洲诸公”的妒忌。妒忌最厉害的是徐桐。徐桐见太后经常称赞翁同龢，不表扬自己，急得直吐血。于是，他表面对翁彬彬有礼，暗中却挑拨翁和谙达们的关系，常在背后搞些小动作。
按清代书房的规矩，皇帝出入书房，师傅和谙达（满语教师）们都要站好队，在门口迎送皇帝。站队时，谙达们只能站在汉族师傅的后面。于是，谙达们心里不服气，觉得这样是低人一等。最使他们不满的是，师傅们可以坐着进讲，而谙达们则只能站着授书。谙达们几次想推翻这个规定，都没有成功。
翁同龢在同治四年（1865年）十二月初十日第一次进讲时，就遇到这个令人头痛的问题。他早已知道书房中的“站”“坐”之争。这个争端始于醇亲王奕同治四年（1865年）取代恭亲王奕任弘德殿稽查。一次，他传皇太后谕旨，命授读者在案旁就坐，其余的人可暂时退出书房，但他没说明其余的人是否可以侍坐。奕传了这个语意不明的旨意后，一些谙达认为有机可乘，教满语的谙达伊精阿首先公开在旁边坐着。不久，奕发现了这个现象，立即弹劾伊精阿，制止谙达在书房就坐。于是，谙达们愤愤不平，议论纷纷，要求改变这一不合理的规定。
翁同龢第一次入值弘德殿，觉得自己年纪轻轻，看见岁数比自己大得多的谙达们站着，而自己却要坐着，于心不安，尤其是知道“站”“坐”之争的内幕后，怕招来议论，因而对是否就座一时有些犹豫。但他又一想，这是大清旧制，不可随便更易，不能因为自己一个人谦虚而顿改旧制。想到这，他就毅然决然地入座进讲。
谙达们没有达到目的，便迁怒于汉族师傅。而徐桐则利用自己一半旗人的身份，挑动谙达们把不满情绪集中到翁同龢身上，掀起了反对翁同龢的小风波。同治五年（1866年）十一月，在徐桐的挑动下，谙达奕庆、桂清等人相继“掀腾”，在授课时也仿汉人师傅例就座。翁同龢不知是计，就以一个卫道士的身份公开表示反对，认为这个规矩沿袭已久，若要更改，须请旨方可。翁的态度加深了谙达们对他的怨恨。于是，他们故意延长自己膳前授课的时间，挤掉翁同龢讲授汉功课的时间，企图要翁同龢担当授读“不尽心”的责任。
同治七年（1868年），书房改为整功课。整功课极其繁重，小皇帝早五点起床，六点上课。冬季天还没亮，小皇帝就已到书房了。一天下来，读生书、背熟书、练字、默写、温课、写诗、作论、拉弓、打枪，真是又忙又累。在上课的同时，又要参加很多仪式，往往影响功课进度，加重课业负担，一个十几岁的孩子，哪能堪此重负，因而经常生病，上课时也常常无精打采。另外，当时两宫太后又张罗给小皇帝选秀女，同治帝越发神思不定，因而功课进展十分缓慢。
本来课业负担就很重，而谙达们为了与翁同龢争夺授课时间，又不断加大满语的课业量，有时一讲就是一个半小时甚至两个小时，最后连小皇帝用膳的时间都被挤占了，两宫太后不得不空腹等着小皇帝下课进膳。进了膳后，小皇帝早已累得筋疲力竭，就是你翁同龢讲得再好，对一个已经打不起精神的学生也是无可奈何的了。这样，帝师们争斗的结果，牺牲的首先是小皇帝。
翁同龢鉴于小皇帝课业负担过重，想在教学方法上做一些改良。他采取灵活多变的授课方式，一会儿领着读，一会儿教他写字，一会儿又让他下来走动走动。他的这些改良方法遭到了倭仁、徐桐的反对。倭、徐在小皇帝情绪不佳、精神不聚之时，往往采用罚读、罚写的办法，逼迫小皇帝学自己教的课。尤其是倭仁，对自己讲的《尚书》要求极严，常让小皇帝默写《尚书》段落。小皇帝本来对这门课就不感兴趣，又让他把大段大段的课文背熟，真是难上加难。默写时，往往半天想不起来，急得直冒汗。连别的师傅都觉得于心不忍，但倭仁仍然严肃地瞪着眼睛看着，从不肯提示一个字。这样一来，小皇帝对这门课更是感到厌恶，不愿学了。
翁同龢反对这种教育方法，认为罚读罚写于事无补，主张“顺情劝诱”，通过各种方式激发小皇帝的学习兴趣。但这些建议遭到徐桐的反对，他指责翁同龢是“另开台面”，“借此取悦圣心”，是向小皇帝献媚买好。这些议论传到翁的耳朵里，气得他“肝气作痛”。
由于他们常罚读罚写，又加之谙达们故意延长满语课时间，翁同龢膳后的课时大多被侵占，有一次膳前竟拖到下午两点，膳后课几乎全部挤掉。翁同龢焦急万分，而徐桐和谙达们则暗中高兴，私下里幸灾乐祸地说：“这下有翁叔平好瞧的。”见翁同龢整天愁眉苦脸，认为可把这个年轻气盛的帝师给“降”住了。
小皇帝可遭罪了。喜欢上的课没多少时间，而不喜欢上的课却没完没了，一天累得连话都懒得说，偶尔想轻松一下，说几句笑话，或画个小人什么的，立即惹出师傅们喋喋不休的一套大道理。这样一来，他身心交瘁，常闹小毛病。小皇帝也乐得生病，因为那样可以免去书房之苦。
两宫太后见小皇帝学业进展不大，还经常生病，心中忧虑，每次在翁同龢帘前进讲时，都细问小皇帝功课，并告诉他皇上易于疲倦，胃口不好。翁同龢明知这是因徐桐和谙达们作祟，加重了小皇帝的身心负担，但这话又说不出口；只是自言如何改进教学方法，如何增进皇上学习兴趣，对问题的实质避而不谈。
但人的忍耐终是有限的。翁同龢看到师傅、谙达们的争课影响了小皇帝的身心健康和学业，深感内疚和不安。无论是从师生感情出发，还是忠君责任感的驱使，他终于抛弃了个人的恩怨得失，向醇亲王诉说了自己的苦衷。醇亲王很同情他，就向两宫太后陈奏改良授课制度，翁同龢又与他协商解决办法，取得李鸿藻的支持。在醇亲王和李鸿藻的建议下，两宫皇太后正式传谕，满功课改在膳后上，时间不必过长；并要李鸿藻多抽出些时间，常去书房进讲。
满功课改在膳后的规定一公布，立即遭到谙达们的反对。在他们的鼓动和唆使下，宗人府理事官阿里汉陈奏：满功课改在膳后是重汉抑满，违犯祖规，大为不妥。太后见到这个奏折后，十分生气，斥之为无知妄言，把原折掷还，并再次传谕：嗣后膳前专读汉书，可用六刻钟；满语改在膳后，毋庸多读，酌减为要。在两宫太后出面干预下，抢占课时间问题才得到解决。
帝师们的争斗给翁同龢带来了沉重的精神负担，使他的教学效果受到影响。同时，经过这番折腾，小皇帝的学习兴趣锐减，功课不好。西太后为此屡加斥责，说师傅们教导不力，甚至有一天竟说出了“恨不得我自己来教”的牢骚话。这些严谕责备，虽不是指翁同龢，但他心里也是惴惴不安。这时，又遇李鸿藻嗣母姚太夫人病逝，李遂力请回籍“丁忧”。这样，翁同龢感到自己势孤力单，书房颓局难挽，曾一度产生辞职之念。但他一想到国家多难，皇上典学未成，为臣责任重大，不忍离去，因而极力克制，坚持下来。
同治七年（1868年）十月，李鸿藻守孝满复任，仍在弘德殿、军机大臣上行走。他回到书房后，在翁同龢的支持下，全力整顿书房。鉴于徐桐讲课效果太差，同治帝实在听不懂，李认为他难胜进讲重任，便奏请两宫皇太后将他撤下，改由翁同龢领讲。李的奏请得到批准，从此翁同龢取代了徐桐的位置。徐桐被撤后，气得大发牢骚，说翁、李二人互相标榜，存心打击他。翁、李则不以为然，全力进讲，同治帝的学业渐有起色。但不久之后，同治十年（1871年），翁母病逝，翁同龢回籍守孝。
令他没想到的是，在他回籍丁忧的三年间，年少的同治帝缺少管束，受恭亲王长子载澄的引诱，偷偷潜出宫，去烟街柳巷鬼混，不久，同治帝染上了梅毒。
原来，同治帝微服私游时所流连的地方，大多是一些普通妓馆，光顾的嫖客种类繁多，人物极滥，妓女接客也是毫无选择，兼收并蓄，因而最易于传染性病。同治帝不知深浅，纵淫无度，在这潭脏水里游来泡去，乐而忘忧，不知不觉，便染上了性病。
同治十三年（1874年）九月的一天，太监在给同治帝洗澡时，发现他肩背等处，有许多玫瑰样的斑疹。同治帝立即传来太医来看，太医李德立诊视一会儿，眉头不禁一皱，问道：“皇上，身上痒不痒？”同治帝答道：“没感到痒。”李德立一听吓坏了，但嘴上却说：“不要紧。”
根据李德立的经验，这斑疹十有八九是梅毒疹。但说皇上得淫病，事关帝德清名，这可是要掉脑袋的事，他无论如何也不敢说出来。于是，他就草草地给皇上开了副清热解毒的药，同治帝喝了后，果然红斑渐退，大家便以为万事大吉了。
但在亲政以后，同治帝健康每况愈下。尤其在圆明园之争前后，他更加放纵地私游取乐，并借“查看园工”、“行围”和“校阅”之名，在京郊一带大尽游兴。但此时他已痛感性病的折磨：感到下身痛痒难忍。同治十三年（1874年）春天，他去西山扫墓踏青时，在路旁数以万计跪迎的官民面前，竟痛得直不起腰来，让臣民见到的只是一个面色苍白、未老先衰、佝偻虚弱的病态天子。
很快，同治帝腰部出现溃烂。后又向全身蔓延，在颈、胳膊、膝上都出现痘颗，这些痘颗又迅速溃破流脓。他脉息弱而无力，腰部两个烂洞不停地流着脓和腥水，而且溃烂的根盘极大，脓水不仅向外流，而且向体内深处流，外面的烂口很大，而里面究竟烂了多深多宽，一时看不出来，太医感到十分棘手。
同治十四年十二月五日（1875年1月12日）下午5时，同治帝瞑目而逝，年仅19岁。
穆宗之崩，对于翁同龢的打击极大。原来清宫有一远为前明所不及的传统，即是尊师；自雍正朝创建不立储而秘密择贤，传大位于身后的制度以来，翰林得派在皇子皇孙读书的上书房“行走”，充任师傅，往往即是仕途中康庄的开始。倘或学生得为天子，那就不仅入阁拜相为指间事；子孙亦如家有丹书铁券，除大逆不道以外，他罪皆可免死，如翁同龢即是一个极明显的例子。
因此，本质上是孝悌君子的翁同龢，早就打算好了要将这条路走到底。而李鸿章亦有意培植他做个替手，以便挪出在书房的工夫，专注于军机处。这些主观的意向，客观的助力，在翁同龢服阕起复，重回弘德殿行走后的情形，表现得非常清楚。不过只是半年工夫，龙驭上宾，失去了一个做天子的门生，使得翁同龢的一切打算与希望，都如梦幻泡影了。
