两天后，李天应下令嘉奖王明，封他为龙虎大将军，正二品，立刻回南京复命，封张明远为定国大将军，正三品，接替王明坐镇长沙。封张民远为镇国将军，从三品，坐镇广州。毕竟广州新投降过来的，李天应还有些不放心。连续发出三道任命之后李天应命史可法为督师，宝文达，赵之龙，为副将领兵五万攻打扬州，扬州为南京北面之门户，由明军占领对南京威胁极大，必须马上打下来。这样任命对于刚刚投降过来的史可法那是感动的一塌糊涂，江南王居然把一半的兵力，五万大军交给他一个刚刚投降过来的人，叫人如何不感动，史可法道：“史可法必拿下扬州城，以报答江南王提拔信任之恩。”史可法出发后第三天，李天应接到奏报张森达打下南昌，伤亡二万余人，入城后将敌方已经投降过来的文武官员全部杀光，要不是下属拦着，他还想屠城。李天应大怒，传令张森达立刻回南京，武昌交给下属吴帆管理。这个时代屠城被看作是扬我军威的事，很多将领攻城伤亡太大，城破以后会把气都撒到城内守兵和百姓头上，将城内所有人杀光。在李天应看来这是极其残忍的，可是古时候这种事在战争年代是经常发生的，必如后世的满清入关以后，扬州十日，嘉定三屠，江阴之屠，和后世日军的南京大屠杀都是惨绝人寰。李天应下了一道军令，凡军中将领，任何人不得下令屠城，违者斩。
李自成自从知道了李天应打下南京城的消息，就立刻召集属下众人商议，李岩道：“臣建议，先南后北，南京乃明朝陪都，意义重大，江南更是物产丰富，明朝的财政税收有一半来自江南，闯王若领兵打下江南则可解决我军粮草不足的问题，还能解决一心腹大患。”这时牛金星站出来反对道：“不可，如今李天应已经占领湖广、江东各地，佣兵二十万，已经成了气候，比明朝还要强大一些，如果我们要打下江南必须要五十万以上全部的军队，而且江南河流众多，还需要打造水军，短时间内不可能拿下，而朝廷一直与我们水火不容，必定会趁我们攻打南京时，从后面进攻我们，那时候我们便会腹背受敌，陷入两面作战的境地，自古以来两线作战都是兵家大忌，所以臣建议先北后南，明朝失去江南财税重地，时间一长财力不足，必然发不出军费，军心尽失，此乃我们拿下北京的天赐良机，而南方李天应与我们同为义军，闯王只需休书一封，以示恩威，南方必然不敢乱动。等拿下北京后闯王可登基称帝，稳定军心后再挥军南下，必然事半功倍。”李自成一想，也觉得有道理，李岩还想说什么，可李自成已经决定了，李自成打断李岩道：“好了，就按照牛金星说的办。”李自成此时已经被牛金星话中的登基称帝冲昏头脑。是啊，只要推翻了明朝自己就是名正言顺的开国皇帝。牛金星得意的捋捋自己的胡须，近几年来，凡是李岩赞成的他都反对，凡是李岩反对的他都赞成，牛金星要成为李自成的第一谋士就必须把李岩打压下去。李岩回到家中，将此事告诉了红娘子，并气愤的说到：“牛金星鼓动闯王北上攻打京师是居心叵测，因为他想闯王早点灭掉明朝，闯王好早点称帝，他也就好早点当上宰相或者首辅，早日实至名归。”红娘子出生江湖之中，不懂这些政治，说道：“他想做宰相你就让他去做吧，何必跟他争呢。”李岩道：“娘子以为为夫是那种争权夺利之人吗？我是担心闯王北上，如果真打入京师了，就要面对北方的满清，还有明朝残余势力，南方还有李天应，只怕更加腹背受敌，而李天应在南方养精蓄锐，以后只怕更加不好对付。”
李天应占领南京的消息传到京师，震惊朝野，崇祯帝大怒，气得大骂李天应忘恩负义，乱臣贼子。但是明朝已经没有力量南下收复江南了，开封城外朱仙镇之战已经打垮了明朝精锐力量，李自成已经成了气候，并且时刻威胁着京的安全，而东北的满清也是虎视眈眈，这种情况下朝廷怎能分兵去收服江南。崇祯也只能把仅有的兵力集中在京师周边和山海关了。但是崇祯帝还是下令命兴平伯高杰、广昌伯刘泽清领兵十万自山东南下讨伐江南，命孙传庭领兵二十万防备李自成。
史可法一到扬州城，扬州守将就投降了，几乎兵不血刃拿下扬州，史可法占领扬州后布置扬州防务，张贴告示安民，。不久王明和张森达到达南京，李天应亲自接待王明，并且大肆表彰王明的功劳。对张森达则军法处置，攻打南昌损兵折将，这是其罪一，不经请示就屠杀已经投降的明朝官员这是其罪二降为徐州守备。李天应不想再让他再参与作战，以免发生屠城的事件，张森达领命而去。
