辛亥革命的胜利成果被袁世凯窃取的头一年，还维持着共和的假面具，孙中山还满怀信心地准备率领同志以在野党的身分发展教育和振兴实业，廖仲恺更是积极追随其后，准备把全部的精力投入到经济建设当中去，将中国建成一个超过列强的富强国家。
1912年8月，同盟会改组，联合其它组织，成立了国民党，以图组织责任内阁，实行民主政治。虽然是由孙中山任理事长，但实际的党务是宋教仁代理。袁世凯逐渐撕去了假面具，1913年3月，指使凶徒在上海刺杀了宋教仁。孙中山敏锐地察觉到了袁世凯的野心，主张发起讨袁运动，廖仲恺受孙中山的委托，往来于北京、上海和广州之间，秘密从事反袁活动，尤其是力图争取当时的议员反对袁世凯。后来他的秘密活动被袁世凯的密探侦悉，他的名字被列上了被搜捕的黑名单。就在袁世凯发动对革命党人大搜捕的前夜，廖仲恺得到友人的通报，方得以脱险。
6月间，袁世凯下令免去了江西都督李烈均、广东都督胡汉民、安徽都督柏文蔚的职务，使得国民党掌握的几个省的军政大权全部被剥夺。在孙中山的领导下，这几个省纷纷宣布了独立，由此掀起了捍卫“共和”的“二次革命”。
“二次革命”由于各省的行动步调不一致，各自为战，被袁世凯各个击破，很快就走向了失败。广东革命政府瓦解，廖仲恺与何香凝也被迫流亡日本。
在日本期间，孙中山总结“二次革命”失败的教训，认为革命失败的主要因素是国民党内的人心涣散，决心取消旧的国民党，另组中华革命党。1914年5月，廖仲恺与何香凝加入了中华革命党。
为了解决当时人心涣散，对革命前途失去信心的状况，廖仲恺积极参与中华革命党创办的理论刊物《民国》的编辑工作，并以“微尘”的笔名，连续发表了英国学者何思敬《大私归士》和阿斯吐哥士奇《社会威力为政治生活之本》等两篇译文，号召国人抵制帝制和重建民主共和。
何香凝则将其主要的精力扑到了在留学生中进行联络和宣传工作之上，经常发表演讲和参加群众集会。
中华革命党在组建之初，财政上十分的困难，廖仲恺也就理所当然地挑起了这副理财重担。虽然当时的中华革命党财政部的部长为张静江，但他远在巴黎，因重病之故，不能离法赴日供职。因此，实际上当时财政部的一切事务都是廖仲恺用张静江的印章代行职权。在此期间，廖仲恺竭尽一切力量筹集款项，从财力方面支持中华革命军的讨袁斗争。1915年，中华革命军组织了东北、东南、西北和西南四个司令部，廖仲恺协助孙中山联络各军，并且积极从东京向内地发送讨袁军购置的军火弹药等战备物资。为讨袁军取得战争的胜利奠定了雄厚的物质基础。
1916年3月22日，袁世凯在做了83天皇帝梦以后，被迫宣布取消“承认帝制案”，其“洪宪”帝制的美梦破产了。
袁世凯的“洪宪”帝制梦覆灭之后，廖仲恺与何香凝又追随孙中山投入了规复《临时约法》、重建真正民国的护法斗争。
袁世凯死后，新大总统黎元洪于6月29日宣布恢复《临时约法》，并任命皖系军阀头子段祺瑞为国务总理。自此北京中央政权实际上是控制在段祺瑞的手中，段实际上“以假共和之面孔，行其专制之手段”，大耍两面派的卑劣手段。
在段祺瑞上台一年以后，孙中山才真正看清了段祺瑞的真面目，认识到不打倒段祺瑞，就不能缔造真正的共和民国。因此，从1917年5月开始，孙中山又投入到了捍卫《临时约法》和共和制的护法斗争。
在这次护法斗争中，孙中山主要依靠的是海军的力量。在争取海军参加护法、归附孙中山并南下护法的过程中，廖仲恺与何香凝协助孙中山做了大量的工作。廖仲恺积极动员北洋海军军官彭春源南下护法；而何香凝则积极做海军家属的工作。
南下护法首先遇到的也是经费的问题。奉孙中山的指令，廖仲恺又担起了中华革命党理财以护法的重任，积极筹措海军总长程壁光率7只炮舰南下和123名议员南下广州所需的巨额费用。其中，孙中山南下启程时所需的巨款就是廖仲恺与孙中山一起同德国驻沪领事及犹太富商哈同磋商筹借的。这次所借的139万多元救急钱就是以孙中山个人的名义，经廖仲恺之手办理的。而当孙中山等一行启程之后，廖仲恺与何香凝仍留住上海，主要工作就是筹款和联络中继站，以后几批启程人员所需的经费都是由廖仲恺筹措支付的。
在广东成立了中华民国军政府之后，廖仲恺与何香凝离开了上海，来到广州，廖仲恺就任军政府财政次长。因财政总长唐绍仪未到任，实际上是廖仲恺独力承担着整个护法军政府的经费筹措工作。
广东军政府成立之后，其财政状况十分窘困，经费的筹措十分的困难。之所以造成这种局面，主要是桂系军阀的掣肘。当时窃据广东督军的是桂系军阀陈炳锟、莫荣新等。他们把持了广东地方财政税收，不让军政府染指，使得军政府财政来源几乎断绝。当军政府与沙面领事馆交涉，将上缴北京的“盐余”税款拨交广州军政府之后，陈、莫等又百般刁难阻挠，提出了许多的限制条件。即使前往提款，也由于军政府没有强大的武力作为后盾而困难重重。其中颇多奇曲波折，常常将廖仲恺气得连话都说不出来。
在税收毫无着落的情况下，廖仲恺只有想方设法多方去筹措，真可称得上是呕心沥血，而其成绩卓著。诸如设立筹饷公债局，以发行各种公债票券来筹集款项，实际上成为解决军政府财政困难的主要办法。在发行公债时，廖仲恺鉴于军政府国内的地盘实在是太小，就将发行公债的重点放到了海外，在海外引起极大的回应，尤其是南洋及美洲的华侨，纷纷认购公债票，有力地支持了护法斗争。
廖仲恺的革命生涯最为主要的特点是终生理财，是一个著名的资产阶级民主革命理财家。而与此同样值得彪炳史册的是他终身理财而不爱财，两袖清风一辈子，清正廉洁。就以这次大规模向海内外发行公债票券而言，这在常人眼里看来，是一个再好不过的捞钱的好机会，但廖仲恺在发行公债票的全过程中，对于债票销售数目报告、债票的号码的呈报及存根表册的上缴等，都是清清楚楚，没有一笔糊涂帐。有人感慨地称赞廖仲恺多年“全权管理党的财务，直到民国8年在结算的时候，也没有一笔不清楚的帐目，没有一宗无本人签字的收条而支出去的款项。”这说明的是什么？说明廖仲恺是一位才干卓著的理财家，更说明他两袖清风的清廉正直的品质，以及一丝不苟的认真负责的态度和精神。孙中山有了这样一位忠实可靠的理财家，的确是幸莫大焉！中华民国幸莫大焉！
这次护法运动，廖仲恺尽了最大努力筹措各种款项来支持，但由于掌握西南实权的唐继尧、陆荣廷的暗中阻挠和拆台，并且刺杀了支持孙中山护法的海军总长程壁光，操纵非常国会审查军政府改组案，取消了大元帅一长制，迫使孙中山辞职离开了广东，运动宣告失败。
不久，廖仲恺与何香凝也离开了广州，前往日本。1918年6月底，又回到了上海，与孙中山一起探讨辛亥革命后革命几经起落终以失败告终的经验教训，在新的形势下重新探索革命和中国的出路到底在何方。
