父母先后去世，诸葛亮面对的是整个家庭出现的重大转变，诸葛亮现在所能依靠的是兄长诸葛瑾。诸葛瑾此时已从洛阳回到故乡，挑起了家庭的重担。其实，即使父母仍健在诸葛瑾也要回来，因为天下已不太平，洛阳成为动乱的中心。
诸葛亮3岁时，也就是汉灵帝中平元年（184），全国爆发了张角领导的黄巾大起义，天下响应，万众影从，京师为之震动。汉灵帝召集群臣商议，决定解除党禁，发天下精兵镇压民变。时年30岁的曹操就在此时投笔从戎，担任骑都尉，参与平乱。24岁的刘备也终于等来了大干一场的机会，领着关羽、张飞等人参加了朝廷临时招募的军队，因功被授予安喜县尉。还有孙权的父亲孙坚，也跟人去镇压黄巾军，因功被授予别部司马。黄巾起义改变了东汉王朝的命运，也改变了许多人的一生。后来，黄巾起义总算扑灭了，但朝廷元气大伤，社会更加贫困和动荡，政治更加黑暗，外戚和宦官的争斗更为剧烈，汉灵帝管不了，索性破罐子破摔，公开卖官鬻爵。
诸葛亮9岁时，汉灵帝驾崩，大将军何进拥立皇子刘辩继位，紧接着发生了董卓等外兵入京事件，何进被杀，董卓鸩杀刘辩，改立另一位皇子刘协为帝。为反抗董卓，袁绍、袁术、曹操等人联络10余位刺史、太守结盟起兵，组成关东联军，开始了讨伐董卓之战。
诸葛亮11岁时，董卓挟汉献帝刘协迁都到了长安，后又被王允、吕布等人发动政变杀死，天下完全进入群雄割据混战的时代。
琅邪国所在的徐州，最高长官是徐州牧陶谦，此人善于在政治上投机，别人讨伐董卓，他既不支持也不反对，对于辖区内参加关东联军的一律放行，但始终又坚持向董卓控制的朝廷进贡。
当时，除洛阳所在的司隶校尉部以外，天下各州之中，与徐州相邻的兖州、豫州、青州等地已是战火连连，陶谦注意保存实力，使徐州暂时避免了大的战事，中原地区一些人为避战乱逃到了徐州，靠近海边的琅邪国成为他们的首选。
由诸葛亮的家乡阳都县沿沂水而下，不远即是临沂，再往下，是琅邪国的治所开阳，大约在诸葛亮10岁时，大批由中原地区迁来的人住满了这里，其中最著名的当数朝廷前太尉曹嵩，他是曹操的父亲。曹操此时参加了关东联军，并逐渐向兖州方向发展。曹操的故乡在豫州的沛国，那里已成四战之地。曹操的夫人卞氏是琅邪国开阳县人，也许因为这一点，曹嵩率本家数十口人来到琅邪国避难。但是，琅邪国的和平只是暂时的，一场巨大的灾难随之而来。
诸葛亮13岁时，曹操占据了大部分兖州，被推举为兖州牧，他想把父亲接到自己控制下的兖州东郡。兖州所属的泰山郡离琅邪国最近，泰山郡太守应劭是曹操的手下，曹操把这个任务交给了应劭。应劭是著名学者，《风俗通义》的作者，原本是朝廷任命的官员，并非曹操的嫡系。有人认为，诸葛亮的父亲诸葛珪当年正是在应劭手下任职，其实这并不确切。《后汉书》记载了应劭担任泰山郡太守的准确时间，即汉献帝兴平六年（189），而诸葛珪已于上一年去世了。
也不知应劭是没把领导的事放心上，还是办这种事并不是他这个书生的强项，结果这件事办砸了，而且情况很严重。曹嵩一行虽然收拾好了开始上路，但半路上被人劫杀，包括曹嵩在内的曹家数十口人一个没剩，全被杀死。应劭吓傻了，不敢在泰山郡待下去，弃官逃到了袁绍那里。
曹操闻听大悲，继而狂怒，誓言报复。曹操派人去查，查来查去居然与徐州牧陶谦有关，劫杀曹嵩的是陶谦手下部将张闿，至于张闿是私自行动还是得到了陶谦的授意，至今这都是个无头案，史书说法不一。不过，以陶谦的个性和当时的局势，他绝干不出来这样的事，他缺少动机，也缺少绝对的实力。但曹操不管，在兖州站稳脚跟后他正要向外扩展，南面的徐州是曹操拓展势力的首选目标，现在有了这么好的借口，哪儿能错过？所以，即使弄清楚了陶谦与劫杀曹嵩毫无关系，曹操也不会承认。他立即集结重兵杀向徐州，连拔10多座城池，大军推进至彭城，即今江苏省徐州市。曹操攻破彭城，之后下令屠城。陶谦一败涂地，退保徐州的大本营东海郡郯城。危难之际，刘备率数千人马及时前来增援陶谦。当时刘备还没有单干，他所属的幽州的公孙瓒集团正与冀州的袁绍集团激战不休，而曹操属于袁绍集团，曹操攻打陶谦，公孙瓒认为自己应该出手相救，这就有了刘备奉公孙瓒之命南下救援徐州，在刘备的帮助下郯城总算未失，陶谦躲过一劫。
曹操发动了多次南征徐州之战，这是第一次，进攻的路线是西边的彭城方向，诸葛亮的家乡琅邪国在东边，还不是主战场，因而影响不大。但到了次年，曹操卷土重来，发动了第二次南征徐州之战，这一次曹军改变了进攻方向，不走西路，改走东线，主力进入琅邪国北部地区，连下5座城池，一直打到东海（复征陶谦，拔五城，遂略地至东海）。这个东海，指的是徐州辖下的东海郡，陶谦的大本营郯城即在其中，该郡的管辖范围西到如今的山东省枣庄市，东到江苏省连云港市。曹操此战攻下的琅邪国5座城池都是哪几座不得而知，但是少不了开阳、即丘、阳都这几座沂水沿岸靠近东海郡的城池。
这是诸葛亮的家乡阳都县第一次面临大规模战事，之前虽然黄巾起义骤起，但主要在青州、兖州境内，琅邪国还相对安全。综合各种史料记载，曹军早期的军纪比较差，这大概与曹军早期的构成有关。曹操起兵初期，收编了大量地方武装，还有相当多的黄巾军旧部，虽作战勇猛，但纪律较差，屡次留下屠城和残杀百姓的记录。战火一起，生灵涂炭，这次琅邪国境内5座城池陷落的情景虽然没有留下文字记载，但惨状可想而知，少年诸葛亮目睹了这一切，从而在心中留下了抹不去的阴影，让诸葛亮对曹操多少产生了本能的排斥，这种微妙的心理甚至影响了诸葛亮日后的政治选择。
虽然曹操此次南征徐州仍然未能全胜，遇到了重大挫折，张邈和陈宫秘密迎请吕布在曹操的后方兖州发起叛乱，曹操不得不仓促撤军。但是，所有人都明白曹操还会卷土重来，琅邪国已不安全。原本是避难之所的琅邪国，现在每天都有大量民众外逃。作为诸葛家长子的诸葛瑾，看着继母和两个弟弟、两个妹妹，不得不思考这样的问题。
