刘备走时，交代荆州的防务由诸葛亮、关羽、张飞、赵云等人负责，至于谁负总责，史书上却没有明说。《三国志·先主传》说刘备留下诸葛亮、关羽等据守荆（先主留诸葛亮、关羽等据荆州），没有提张飞和赵云，看样子是诸葛亮、关羽共同负总责。《三国志·诸葛亮传》与此说法相似，说刘备离开后，诸葛亮和关羽镇守荆州（亮与关羽镇荆州）。而《三国志·关羽传》却说，刘备临走前，交代由关羽对荆州的事务负总责（先主西定益州，拜羽董督荆州事）。
论职务，诸葛亮此时只是军师中郎将，低于关羽、张飞，甚至低于赵云，但之前说过，还不能用职务高低来说明一切，诸葛亮出色的能力和独特的作用决定了他可以负起整个荆州的责任。加入刘备阵营以来，诸葛亮比较注意处理好与关羽、张飞等将领的关系，关、张二人早期的不满情绪已不存在，关羽和张飞对诸葛亮的能力和重要性也认识得比较清楚，尽管诸葛亮比较年轻，职务也低，他们倒并不反对接受他的领导。
所以，史书虽然没有明确，可以推断刘备不在期间，荆州事务是由诸葛亮负总责。至于拜关羽董督荆州事务，那应该是后面的事，发生在诸葛亮也领兵去了益州之后。诸葛亮当时应该驻守公安，关羽、张飞应该驻守在江陵、秭归等要地，据《云别传》记载，刘备特意任命赵云为留营司马，协助诸葛亮负责大本营的日常事务。
刘备之所以做出这样的安排，是考虑到他走之后还留下了一件麻烦事，那就是他的那个新夫人孙妹妹。这个孙妹妹一向无法无天，刘备在时尚骄横不法，如果刘备不在跟前，还不知道会闹出什么动静来。诸葛亮办法虽然多，但毕竟是文人，遇到不讲理的人，尤其是不讲理的女人，只怕也没办法。《云别传》记载，刘备认为赵云平时比较威严，能压得了阵，所以让他掌管内务（先主以云严重，必能整齐，特任掌内事）。
这个安排还真对了，孙权听说刘备西征，一方面气愤不已，认为之前刘备那些大话都是搪塞自己的，是耍无赖；另一方面，决定把妹妹接回江东。孙权也不跟这边商量，便直接派大船来接人。孙妹妹要回娘家，谁也拦不住，诸葛亮不好说去益州请示完刘备再放行，只好让她走。
可是，这个孙妹妹不仅自己走，还要把刘备最要紧的一样东西带走，那就是幼子刘禅（夫人内欲将后主还吴）。刘禅此时4岁，他的亲生母亲甘夫人已经病故，平时可能就由年轻的继母孙妹妹带着。谁也没有料到孙妹妹会使出这一手，仓促之间刘禅竟然被她抱到了船上。
如果把刘禅丢了，诸葛亮得后悔一辈子，幸好得到消息后，诸葛亮赶紧命赵云、张飞分别从陆路去追。骑马总比坐船快，赵云率先赶到孙夫人前面，勒兵截江，才把刘禅抢了回来。这是赵云第二次救幼主，前一次血战长坂，正是赵云的拼命相护，刘禅才得以生还。
刘备率领大军进入益州后，一开始倒也顺利，在涪城受到刘璋的盛情款待，法正、庞统都劝刘备借此机会一举将刘璋拿下，益州很快可以得手。
但刘备拒绝了：“才入益州，恩信未立，不能这么做。”相对于夺取一州的地盘，刘备更在乎的是人心。人们都知道他是受邀而来，刘璋又如此盛情厚义，他对益州没有任何建树，却趁机发动政变，即使得手，也会让益州百姓心寒。
益州要取，但必须到了火候再说。应该说，张松、法正以及庞统的考虑是战术层面的，是如何实现眼前的目标；刘备考虑的是战略层面的，是着眼于目标实现后如何确保长远目标也能实现。为此就不能操之过急，需要忍耐和等待。
在涪城欢娱了百余日，刘璋回了成都，按双方约定，刘备将率所部加上刘璋增拨的兵马向北进攻汉中。《三国志》称，此时刘备的总兵力超过3万人（先主并军三万余人），手握重兵，如果现在向成都杀个回马枪，刘备仍有胜算，但刘备仍不着急。
刘备率部由涪城向北进发，一直到了葭萌，才不走了。葭萌是广汉郡辖下的一个县，在古白水之上，介于今四川省剑阁与广元之间。其境内有白水关，是益州北御张鲁的最后一道防线，刘璋在此设白水军督，相当于一个边防军区，所辖各部称为白水军。白水军督名叫杨怀，副手叫高沛，刘璋下令，他们都归刘备指挥（令督白水军）。刘璋对刘备是彻底地信任和倚重，他希望刘备能抢在曹操之前拿下汉中，解除益州的北部之忧。
刘备却不着急，到了葭萌，就在这里住了下来，不提北进的事。刘备来葭萌是汉献帝建安十六年（211）的12月，离开这里的时候已是次年的年底，也就是说，刘备在此一住就是一年。在这一年里，刘备没有向北方用过一次兵，对外他只做了一件事：厚树恩德，以收众心。刘璋父子治蜀，精力都耗在了上层斗争方面，对于百姓关心不够，刘备兵精粮足，不用管别的事，要收买人心那还不容易？况且对刘备来说，这些正是他的强项。
在荆州方面，这一段时间局势相对平静。诸葛亮和关羽等人丝毫不敢大意，时刻关注着北面曹操和东面孙权的一举一动，防备他们借刘备分兵于益州之际来进攻荆州。让诸葛亮颇为欣慰的是，曹操这段时间把用兵的重点放在了关中地区，那一带一直由十多路割据势力所分治，被称为关中诸将。在关中诸将的后面，还有凉州的马超和韩遂，曹操想解决他们。这是一场战役，一旦开始没有一年半载便无法结束，看来曹操暂时无力南下。
对孙权这边主要是搞好关系，巩固同盟。孙权接妹妹回江东事件发生后，双方闹出了不愉快，但也没有因此撕破脸。江东在荆州方向的总指挥是驻扎在陆口的鲁肃，他也是诸葛亮的老朋友，是孙刘联盟的坚定支持者，在他们的共同努力下，孙刘双方关系处得还算好。
这段时间，诸葛亮与鲁肃、孙权都保持了经常性的书信往来，在《诸葛亮集》中保存了诸葛亮与孙权在此期间一封信的片段，根据这项资料判断，孙权曾给诸葛亮写信，询问谁在刘备跟前出谋划策。孙权大概觉得，刘备入益州应该把诸葛亮带上，诸葛亮竟然没有去，别人他就不熟悉了，因而询问。
诸葛亮写信告诉孙权，现在刘备身边出谋划策的主要是庞统和廖立，他们二位都是楚地的俊才，有能力辅佐刘备复兴汉室大业（庞统、廖立，楚之良才，当赞兴世业者也）。这封信表明，刘备虽然抢在孙权的前面去了益州，惹得孙权不高兴，但孙权也只好默许了，他只能继续维持孙刘同盟的存在。
在这种情况下，江东对荆州的威胁暂时可以不作为考虑的重点，可以让刘备在益州放手大干一番了。
