所以，“即使鸦片不入中国，亦未能保外洋之终于安靖而隐忍也。且鸦片之来，亦为货物之亏折起见耳。货物不得利，乃思取违禁之物以补偿之，若使税用不增，逋欠可得，彼又何乐乎以违禁之烟土，而予关吏以把持，啖水师之贿赂哉？窃谓当日欲与之申明烟禁，必先取中西互市之全局通盘打算，平其百货之税则行用，更择其胥侩之尤者而惩之，必使番人憬然于生计之赢绌，不在鸦片之有无。但使关税行用之积蠹渐除，则湖丝、茶、黄之转输自便，此为中外一体，威福并行，制夷抚夷之策，似无逾于此者”。在夏燮看来，甚至当年林则徐在广州禁烟时“请停英夷贸易，亦自失之”。在一个充溢着极端自尊、排外盲目心态的社会中，居然发出如此冷静的“另类”言论，实在罕见，也实在令人钦佩。
当然，魏源等人的研究，也存在着不少缺陷。
首先，他们都是饱读“四书五经”的传统知识分子，所以他们不仅无法摆脱儒家观念的束缚，而且还会得出一些非常荒唐怪诞的结论。梁廷枏关于儒家学说统治将统治世界的观点，可谓典型。梁廷枏认为，儒家学说就是人间的唯一真理：
“唐虞三代以来，周公、孔子之道，灿然若日月丽天，江河行地。”鸦片战争的结果虽然使中国割地赔款，备受耻辱，但在梁廷枏看来，这对于儒家学说在全世界的传播则是件好事，因为儒家学说可以借助中西交通大开之利，迅速扩展到欧洲。他这样写道：“夫周孔之道洋施，本速于传邮。特前此西海之外，舟车阻之，俟其从容向化，势已缓矣。今则招徕即广，望光而踵至者，未尝限以工贾之辈。迩者皇上扩天地之仁，恩施格外，听其购求典籍，延致中土儒生，大地同文，兆端于此。他日者，设能尽得圣君、贤臣、孝子、悌弟、义夫、节妇之见于记载者，有以次第讲习，牖其愚蒙，引其向往，将所谓思悔转弃者，直旦暮间事。是盖圣教普施之渐之，有以发其机而操之券，又安有人心风俗之足害也哉？”“泰西人既知读中国书，他日必将有陪慧之人，翻然弃其所学，而思从尧、舜、禹、汤、文、武、周、孔、之道，如战国之陈良者。”所以，虽然目前基督教在西方盛行，但“倘他时圣教所被，识见日开，必将有辨江心之味思冀北之群者”。不过，梁廷枏在撰写这段文字时，一定没有想到一个问题：既然孔孟“圣教”是如此的美妙，为什么以这个“圣教”为正统的中国会被信奉异教的英国人打得一败涂地呢？他当然做梦也不会想到，在他去世之后的100多年里，中国大地上多次燃起过“打倒孔家店”的烈火。他更不会想到的是，在21世纪，有人居然还在像他那样编织着儒家学说将一统天下的神话，宣称什么“唯有儒家学说才能救世界”，“21世纪是儒学的世纪”。中国历史，就是这样的光怪陆离！
其次，这个时期与海上丝绸之路相关的研究总体上来说是比较少的，而且停留在较浅显的层次上，并没有形成完整的系统。鸦片战争后，“鄂罗斯兼并西北，英吉利蚕食东南”，中国边疆烽烟四起，危机不断。在背景下，边疆史地研究成了一门“显学”。不过，学者们更加关心的是西北边疆，而不是东南海疆。陈高华对此有过论述：“鸦片战争对中国学术界是巨大的震动，探究域外史地之学成为一时的风气，西北、蒙古的历史地理，中国与中亚及其以西地区陆上交通的研究，名家迭出，成绩斐然。而古代海外交通的研究，则相当冷落，没有引起足够的注意。”其原因可能有两个。一是在俄罗斯对中国西北的不断蚕食，直接威胁到中国的领土完整。相反，耀武扬威的西方列强虽然不断冲击着中国的国门，但远在海外，尚不能直接吞并中国领土。因此，危在旦夕的西北边疆更加引人关注，而东南海疆问题则没有显得如此迫切。另一个原因是，在中国典籍中，关于西北的文献非常丰富。中国古代学术的一个重要特征，就是以诠经读史、文献考据为主要方法。
因此，研究西北史地的文献基础非常雄厚。中国学者研究西北史地的热潮始于18世纪末，到了鸦片战争前后，已经成为一种学术传统。而在中国典籍中，关于海上丝绸之路的文献比较少，学术基础比较差，更没有形成学术传统，这样，学术研究的难度也就更大了。如前所述，关于海上丝绸之路的学术研究，是在鸦片战争之后才真正开始的。特别是，由于这种研究最初“是从反侵略的军事和外交斗争需要出发的”，因此，林则徐、姚莹等人的著作“带有较浓厚的情报色彩”，例如，“《四洲志》纯是一部译作，《康輶纪行》系合日记杂录而成”。这样的著作，自然难以“在史学上建立起自己的学科阵地”。魏源的《海国图志》、徐继畲的《瀛寰志略》在内容上比较充实，但“反侵略的军事和外交斗争”色彩大大超过了学术性。
这些著作在体例规范上也不够完备，例如，徐继畲虽然千方百计地“将译音各异名，注于各国之下，庶阅者易辨认”，但最大的缺陷是，他无法注出这些外国地名的外文原文。
第三，由于学术基础非常薄弱，再加上研究者不懂外语，无法利用外文资料，也无法掌握外国学者的研究动态，因此，即使在一些简单的基本问题上，也存在着许多错误的说法。我们在此可举两例。
第一个例子是马礼逊父子。英国伦敦会传教士马礼逊（Robert Morrison，1782-1834年）于1807年来到澳门，“是基督教教新教在中国传教的开山祖”。
从1809年起，马礼逊被英国东印度公司聘为中文翻译。1816年英国阿美士德使团来到北京时，马礼逊担任翻译。马礼逊有个儿子名叫John Robert Morrison，中文名字为马儒翰（1814-1843年）。马礼逊去世后，马儒翰继承其父的职位，担任英国东印度公司的中文翻译。鸦片战争期间，马儒翰为英国侵略军充当翻译，积极为英国侵略者出谋划策。鸦片战争结束后，马儒翰又被英国人任命为香港殖民政府的秘书。不过，中国人对马礼逊父子的关系并不清楚。由于这对父子担任过相同的职位，而且姓名中都有马礼逊（Morrison），所以中国人就将“马礼逊”这个英国人的姓误认为是官名。1842年，姚莹通过审讯英军俘虏颠林，兴冲冲地向道光皇帝报告说：英国人“其在广东之香港者，文官为‘马厘士列’，即马礼逊”。魏源后来据此也说，英国人“其在粤、在浙，皆有‘马礼逊’，乃官名，非人名”。魏源甚至还错误地认为，英国人“初奉佛教，后奉天主教”。
另一个例子就是长期困惑中国人的“佛郎机”问题。公元5世纪，在冲击西罗马帝国的日耳曼“蛮族”中，法兰克人（Franks）是最强大的一支。法兰克人还在西欧洲建立了版图辽阔的法兰克王国。现在的法国、德国和意大利，就是在843年之后由法兰克王国分裂而成的。中世纪的阿拉伯人把西欧人统称为“法兰克人”。
从1513年开始，葡萄牙人来到中国广东沿海。当时充当翻译的阿拉伯人把葡萄牙人称为“法兰克人”，中文据此译写成“佛郎机”或“佛朗机”之类。而法国人则是从1698年“昂菲特里特”号首航中国后开始参与对华贸易的。但由于中国人把法国译成为“佛郎西”等，所以，长期把葡萄牙（佛郎机）与法国（佛郎西）混淆在一起。夏燮深为中国人昧于早期中西交往的事实而痛心，他写道：“修《明史》者，尚堕云雾中，岂非卧榻旁，被人鼾睡而不知邪？”于是他“参核《明史》及中外记载之书”，对此进行了认真的考订。但考订结果是错误的。他认为，16世纪初最先来到中国的是法国人（佛郎西），他们不仅骚扰了广东、福建和浙江沿海，而且还占据了澳门，建造起了“高栋飞甍，栉比相望”；而葡萄牙人则是从嘉靖三十年（1551年）“遂来澳门”的：“葡萄亚乃纳贿于澳中官吏，请岁以五百金贳其廛而居之。”由于误把“佛郎西”当做法国人，所以，夏燮根本无法讲清楚葡萄牙人是如何取代法国人而占据澳门的。
第四，囿于中国传统的思维模式，他们无法正确地解释海外局势的变化。例如，魏源清楚地认识到地理大发现后东南亚局势的巨大变化，但无法解释导致这种变化的原因，最后，他只得求助于中国传统的“气”论。他说：“天地之气，其至明而一变乎？沧海之运，随地圜体，其自西而东乎？前代无论大一统之世，即东晋、南唐、南宋、齐、梁，偏隅割据，而航琛献赆之岛，服卉皮衣之贡，史不绝书，今无一登于王会。何为乎红夷东驶之舶？遇岸争岸，遇洲据洲，立城埠，设兵防，凡南洋之要津，已尽为西洋之都会。”与魏源持同样观点的还有徐继畲，他也试图用“气”这个似是而非的概念来说明海外局势的巨大变化：“西北之耀武功，始于汉，故称中国为汉人；岭南之聚番舶始于唐，故称中国为唐人。然唐时之番舶，亦不过南洋、小西洋诸国。王涯之胡椒八百斛，故南洋产也。……欧罗巴诸国之东来，先由大西洋而小西洋，建置埔头，渐及于南洋诸岛。然后内向，而聚于粤东。萌芽于明中，滥觞于明季，至今日而往来七万里，遂如一苇之杭。天地之气，由西北而通于东南，倘亦运会使然耶？”在古代中国，海上丝绸之路被看成是蛮夷向中国朝贡的海上“贡道”。鸦片战争之后，海上丝绸之路又被看成是中国与西方的“通商”航路。同时，魏源、梁廷枏、徐继畲等少数几个先驱者也开始研究与海上丝绸之路相关的一些问题，从而开辟了一个全新的研究领域，并且提出了不少超越时代的真知灼见。但由于上述缺陷的存在，使他们难以在史学理论与方法上取得重大突破，他们的研究“仍然是传统史学在新条件下的延续”。
从15世纪后期开始，西欧迅速兴起，并在全球范围内不断扩张。欧洲人在16世纪初尚未踏上中国土地的时候，就已经多方搜集与海上丝绸之路有关的各种资料了。1517年到达广州的葡萄牙人皮列士，是欧洲国王派往中国的第一个外交使节。他在来中国之前，曾写过一部《东方志》，书中介绍了中国的沿海岛屿、港口、船只、进出口商品、外贸管理制度等。第一个进入中国内地的传教士利玛窦（1552-1610年）在讲述基督教在中国传播历程时写道：中国盛产的丝绸“大量地出口到世界最遥远的地方。葡萄牙人最乐于装船的大宗商品莫过于中国丝绸了；他们把丝绸运到日本和印度，发现那里是现成的市场。住在菲律宾群岛的西班牙人也把中国丝绸装上他们的商船，出口到新西班牙和世界的其他地方”。也就是说，欧洲人是在他们的全球扩张过程中开始研究海上丝绸之路的；欧洲人对海上丝绸之路的研究是主动的，是西方全球扩张的一个组成部分。而中国人则是在应对欧洲人急剧扩张的过程中开始研究海上丝绸之路的，是被动的。魏源等人研究海外各国的根本目的，就是为了寻找有效的“制夷”之策。魏源在《海国图志》的序中说得非常明白：“是书何以作？曰：为以夷攻夷而作，为以夷款夷而作，为师夷长技以制夷而作。”因此，中国人对海上丝绸之路的研究，从一开始就与民族忧患意识紧紧结合在一起。即使在20世纪中国学术界的海上丝绸之路研究中，依然可以看到这样的民族忧患意识。
