明末农民军的军纪是大体相同的。《流寇长编》卷八记李自成等农民军说：“其管阵一退缩，立置之死，故人皆为尽力死斗。”《明史·李自成传》说：“自成每攻城，……后者必斩。”“临阵，……前者返顾，后者杀之。”《平寇志》、《明史纪事本末》等书也有类似记载。这明显是战场纪律。农民军是这样规定的，战斗中也是这样执行的。崇祯十五年（1642年）正月十日，农民军攻开封时，“贼驱壮夫夺坎，不得入，则反走，走辄被殊”。
《豫变纪略》卷四记：崇祯十五年农民军攻开封，“癸酉，……贼头目有李狗皮者，攻北门，贼怒其攻之不力也，杖四十”。《大梁守城记》也说：“三日，……杖头目李狗皮四十，惩弗力也。狗皮，盖攻东北角者。”李狗皮攻城不力，被杖打四十，这是按战场纪律对他的惩处。
李自成农民军军纪规定：“有一马儳行列者斩之”。这当为训练或行军纪律，要求是很严格的。
农民军还建立了不少人员管理规定。如“军令不得藏白金”，“人不能囊一金，犯者死。”“过城邑不得室处，妻子外不得携他妇人。”“逃者，谓之‘落草’，磔之。”
农民军的群众纪律，见于史载较多。《明史·李自成传》说：“马腾入田苗者斩之。”
李光壂《守汴日志》记农民军攻开封事说：“先闻闯贼有令，窝铺内藏匿妇女者斩。”
《明季北略》卷二十《四月三十日自成西奔》条载，农民军四处传布：“不杀人，不爱财，不奸淫，不抢掠，平买平卖，蠲免钱粮，且将富家银钱，分赈贫民。”卷二十三《李自成传牌》条说，李自成传牌各处称：“仁义之师，不淫妇女，不杀无辜，不掠资财，所过秋毫无犯。”
史载，农民军攻占城市后“严禁抢掠”，‘兵淫掠者有禁，民抢攘者有禁，城军下城者有禁。犯者立死，断头截体”。
崇祯十六年（1643年）正月，农民军驰檄黄州，宣布：“各营有擅杀良民者斩。”
崇祯十七年（1644年）三月，李自成进入北京后宣布：“大兵扰害，治以军法。”兵政府遍贴安民榜云：“大师临城，秋毫无犯，敢有擅掠民财者，凌迟处死。”《甲申传信录》卷六《李闯始末》还记：“军令，有犯淫劫者，立时枭磔，或割掌，或割势。”
李自成农民军成文或不成文的军纪法规实际远不止上述这些，但仅此可见其军的军纪之严，涉及许多方面。
杨士聪《甲申核真略》记载，大顺军在北京时，刘宗敏在西华门“立两磔人柱，……凡兵士掠财奸淫者，枭示甚多”。由此也可见其军执纪之严了。
在严明军纪的同时，李自成农民军也注重对将士的奖赏，以鼓舞斗志。如根据缴获的重要程度行赏：“诸营较所获，马骡者上赏，弓矢铅铳者次之，币帛又次之，珠玉为下。”根据功绩大小行赏：崇祯十七年四月十五日，李自成“颁诏天下，论功行赏”。在重大时机行赏：李自成在北京正式称帝和东征吴三桂前，“先行大赏”。可见其军是有奖有惩，奖惩分明的。据《甲申传信录》卷五记载，大顺政权设有考功司。
（二）
李自成农民军建立并严格执行各项军纪和军事法规，收到了好的效果。
李光壂《守汴日志》记载：“先闻闯贼有令，窝铺内藏匿妇女者斩。放出三万余口，任其所之。有持数升粮复进者。”此事发生于农民军第三次围困开封时，城中严重缺粮，故放妇女出城就食。这些人未被淫杀，还有带粮回城者，可见农民军是守纪的。
谭吉璁《延绥镇志》卷五之四说，大顺军东征人晋，“自成已渡河，陷蒲州，有红甲总兵（指农民军将领）者，入河津县卤（掳）掠，自成斩以徇，军中凛然。”
《明季北略》卷二十《李自成人北京内城》条记载：“贼将刘宗敏整军入，军容甚肃。”
《平寇志》卷九记，大顺军进北京后，“有二贼掠缎铺，立剐于棋盘街，民间大喜，安堵如故”。同书卷十一记，农民军与吴三桂军在山海关恶战时，“贼鳞次相搏，前者死，后者复进”。民间“安堵如故”，将士们能够勇敢搏斗，有进无退，说明大顺军严格执行军纪效果良好。
史料表明，农民军确有纪律不好的现象，但官军的军纪还不如农民军。
崇祯八年（1635年）正月，张献忠等农民军攻打凤阳皇陵。明先臣文震孟上《皇陵震动疏》，历陈多种动乱之源，认为其中之一是：“（官军）将无纪律，兵无行伍，淫污杀劫，惨不可言，尾贼（农民军）而往，莫敢奋臂，所报之级，半是良民，民间遂有‘贼兵如梳，官兵如栉’之谣，民安得不为盗，盗安得不日繁？”
《明季北略》卷十九《马世奇入对》条记载：“癸未（崇祯十六年），李自成、张献忠益炽。（皇）上不时召对群臣，马世奇对曰：李自成‘今闯献并负滔天之逆，而治献易，治闯难。盖献人之所畏，闯人之所附。非附闯也，苦兵（官兵）也：一苦于杨嗣昌之兵，而不得守其城垒；再苦于宋一鹤之兵，而人不得有其室家；三苦于左良玉之兵，而人之居者、行者，俱不得安保其身命矣。’”
《流寇长编》卷三载，崇祯三年八月，“（杜）文焕在军，携妇女自随，奏乐酣饮，无意平贼。部曲王可贵在莲花寨。文焕还军驻绥德，日置酒高会，费公帑万余。部将杀良冒功，所杀延长民十八户，杀绥德九十三岁老人史大等数十人，又杀村民报莲花寨功”。
《崇祯长编》卷五十二记官军副总兵赵大胤纵兵害民、杀良冒功事说，崇祯四年（1631年）四月，赵大胤在芝川镇（属陕西韩城）遇“贼”，“观望不战”，“而所上功级内，潼关道胡其俊谓有妇人头十二级，而县册则称三十五级，然此犹贼之老妇男幼也”。“又于三月二十一日在中部（今陕西黄陵）之塘河堡，报杀贼一百二十级，而中有村民三十五人”。
左良玉明军的军纪也很差，不仅百姓不欢迎，明官亦拒。崇祯十四年（1641年）十二月二十六日，左军“冒雪抵裕州，仅仅管州张生员与来日胜出城一见，其余士民皆伏女墙，浇水冻城，为贼（李自成）坚守，即粒粮根草，呼之不应，与价亦拒”。
《流寇志》卷六记：“（崇祯十六年）十二月，左良玉自朱仙镇南溃，久屯襄阳，……拥众二十万，饩于官者仅二万五千，余皆因粮村落，襄人不堪。……襄人怨其淫掠，焚其舟。良玉怒，掠荆襄巨估船，载军资妇女，身率诸军营樊城高阜。……虑贼（李自成农民军）绕他道蹑其后，沿途伏雷暗弩甚设。贼势大，襄洛之民牛酒迎贼。……贼骑数万至樊城，……趋羊皮诸滩，不得渡。樊民怨良玉，导贼避伏机，绕道至白马渡，……左良玉全师上汉口，欲入承天。巡抚宋一鹤、巡按李振声闭城不纳。”
《明史·左良玉传》说：左军“至武昌，从楚王乞二十万人饷，曰‘我为王保境。’王不应，良玉纵兵大掠，火光照江中。宗室士民奔窜山谷，……自十二月二十四日抵武昌，至十六年正月中，兵始去。居人登蛇山以望，叫呼更生，曰：李自成‘左兵过矣！’”
有史籍还记载：
贼（李自成）令严明，将吏无敢侵略。明季以来，师（官军）无纪律，所过镇集，纵兵抢掠，号曰“打粮”，井里为墟。而有司（官府）供给军需，督逋赋甚急，敲朴煎熬，民不堪命。至是陷贼，反得安舒，为之歌曰：“‘杀牛羊，备酒浆，开了城门迎闯王，闯王来时不纳粮。”由是远近欣附，不复目以为贼。
朝廷方急献（张献忠），竭天下之兵马钱谷专一向献贼。贼（李）自成乘间养势，势遂大，又能假仁义愚百姓。百姓当他贼过，人畜巢卵靡有孑遗。即官兵过，亦不下贼。惟闯贼过，则家室完好，亩禾如故。百姓竞德之，竞多归附，势益大。
这些记载说明，农民军的纪律好于官军，李自成农民军的军纪又好于其他农民军。广大民众之所以对李自成农民军不视之为“贼”，还衷心欢迎、拥护和支持，这与李自成能够严于治军，不损害百姓利益分不开。这也是李自成农民军能不断发展，克敌制胜的原因所在。
（三）
不同史书对李自成农民军军纪的记述，往往大相径庭；同一史书所载，也每见矛盾。有些封建史家对其军军纪的恶意诬蔑显而易见。因此，兼看不同记载，总体分析，去伪存真，才能了解实际情况。
《明史·李自成传》说，李自成“性残忍，日杀人新足、剖心为戏。”
《平寇志》卷六说：“闯贼性惨酷，嗜杀，断耳、剔目、截手、折足、剖心、锯体，日以为常，谈笑对之。其兄从秦军来，闯贼获而杀之。”同卷又记，李自成农民军杀人很多，“杀人既多，聚尸焚之，曰‘打亮’”。卷十还说：崇祯十七年四月农民军在北京时，“贼兵数千，挽车数百辆，突入各肆，一时席卷”；“女子无夫者强配贼兵，奸淫杀戮，备诸暴酷”。
《甲申传信录》卷六记崇祯十七年四月，大顺军在北京时事说，“贼众累犯淫劫”，“安福胡同一夜妇女死者，三百七十余人”。
李自成农民军杀戮淫劫真有那么严重么？大量史料表明，李自成杀什么人，不杀什么人是有原则的，并不“妄杀”、“擅杀”、“轻杀”。
李自成认为不能杀的人严禁妄杀，违者严惩，所谓“禁杀人，偿命”。他在西安时有令：“不得妄杀一人，误者将吏偿其命。”他曾说：“杀一人者如杀吾父，淫一女者如淫吾母。”《明季实录》载：“杀一人如杀我父，淫一妇如淫我母。”
不杀者如：“望风迎降者不杀”，“有技术者，皆不杀”。“所掳之人，愿从者皆不杀。……不善战者……亦不轻杀。”
且看李自成不杀的几个实例。崇祯十六年正月破承天，“贼（李自成）戒部下，杀贤令者死”，钟祥知县萧汉“有贤声”，不杀。
是年冬，李自成占领西安，居秦王府。都司舍人邱从周“醉入秦府骂曰：李自成‘若一小民，妄踞王府称尊，所施暴戾若是，安能久乎？’自成叱曰：李自成‘醉鬼！’命逐出，不介意也。”
明将陈永福守开封时，集矢射中李自成左目下。李自成人关中时明将纷纷来降，陈永福虽有降意畏杀不至。李自成折箭为誓，表示不予报复。陈降后被授职制将军，一说守太原身殉大顺。
李自成在北京入城时，“拔箭去簇，向后军中连发三矢，约曰：李自成‘军兵入城，有敢伤一人者斩’，以为令”。入宫后，他见到被崇祯砍伤未死的袁妃和长公主，叹曰“上太忍！”“令扶还本宫调理”。被明内官献出的崇祯太子，大概以为李自成会杀他，见到李自成后并不杀，于是说“何不杀我？”李自成说：“汝无罪，我岂妄杀？”“送刘宗敏护侍之”。
《平寇志》卷九记载：李自成在北京设朝时，“庶吉士张家玉长揖不拜，自成曰：李自成‘此何礼？’家玉曰：李自成‘客礼。’自成曰：李自成‘既见朝，何行客礼？’家玉曰：李自成‘明朝之臣，如何肯拜他姓？”’李自成佯说要斩他，但他仰天大笑，径行不顾。对此“无礼”之人，李自成只是命人把他缚于端门内，绝食五日不死，最后还是不杀释放。
这些事例足以说明，李自成绝非“性惨酷，嗜杀”，把杀人当儿戏之人；不仅不滥杀无辜，且有仁慈之心。那些敌视农民军的封建文人的有些记载，言过其实。
《平寇志》卷六说，“（明方）守一二日，（李自成农民军）杀十之三四，或三日以外，则必屠矣。”这不全是事实。崇祯十五年二月二十二日，李自成农民军攻克睢州，就“未杀一人”。
对明朝官府的反动腐朽统治来说，李自成的起兵是正义的。古今中外正义战争的杀敌是无可非议的。在这个意义上，李自成农民军的确杀敌很多，杀有些人，在明方面看来也很惨酷。如破洛阳杀福王，“自成兵沟王血，杂鹿醢尝之，名‘福禄酒’”。这在广大饥民看来，却是大快人心的事。李自成在洛阳对为何要杀王侯贵人向民众有过表白：“王侯贵人，剥穷民视其冻馁，吾故杀之，以为若曹。”
农民军对敌方的政策是区别对待的，也是有变化的。如“迎降者不杀”，事实上未迎降甚至抗拒的，也不轻杀。崇祯十五年后，李自成农民军一般不再杀明藩王，如破西安，不仅不杀秦王，还授予他权将军。
一般地说，明将顽抗拒守，农民军死伤也很大，破城多有巷战，农民军杀敌也多，但不是斩尽杀绝。榆林城坚拒相抗，农民军俘获尤世威等人，李自成劝降不成才杀的。明总兵周遇吉领兵拒守山西宁武关，杀农民军万余，被俘后，农民军胁降不成才杀了他。
李自成农民军打击的对象和军需装备物资来源，主要是勋戚、大吏、豪绅、富户，对这些人，是既强索硬取又杀。这种行动，站在明方的立场上就说成是屠杀劫掠。农民军获取的牲畜财物，按法纪也要交公。他们远离故乡流动作战，个人基本不具备带财条件。频繁的战事，使农民军视珍宝不如战马，故有“其金银恒散弃之，或以代铅置炮中”的现象。
明末普通平民百姓缺衣少食，没有什么财物可供农民军“劫掠”。李自成“为了几个百姓，故起义兵”，保护的是广大农民的利益。因此李自成对民众，是严禁违犯纪律的。崇祯十四年（1641年）后，他采纳李岩等人的“收人心”等意见，尤其注意这一点。有违令触犯法纪者，惩处是很严厉的。
尽管如此，百万之众，违犯群众纪律的事是难免的。但严禁严惩之下，部队违纪现象理应不太严重。
《甲申传信录》卷七说，大顺军从山海关战败返回北京，“大队入城，全无纪律，……时纪功司李出示禁兵丁劫掠。”大顺军打了败仗，军心不稳，首领们忙于撤退事务，部队出现了违纪问题。但至此时仍禁兵违纪，可见农民军的禁令是贯穿始终的。
李自成在北京期间，原明官员杨士聪一直在京城。他在《甲申核真略》中记述，大顺军入城后禁止士兵违纪，与城中百姓相处融洽，“都人嫁女于贼者甚多，甚以为荣”。大顺军从山海关败回北京的四月二十六、二十七日，士兵有违纪现象，“然犹出牌安民如故也”。二十八日，“竟夜零贼淫掠，贼不能禁也。大房（官绅住处）无不搜者。若二十六日以前，则绝无此等。坊刻称贼于四月初七日淫掠妇女一日夜，安福胡同死者三百七十余人，大属妄语。事之所无，虽在逆贼，讵可诬乎？”
徐应芬（署名聋道人）《遇变纪略》记述所见李自成农民军入京后的情况说：“余寓宅在刑部街，密迩伪都督刘（宗敏）所，……至淫夺斩杀之事，则犹未见也。”也许农民军有些违纪情况他未能见到，但有条件见闻农民军军纪情况的当时人的这些较客观的说法，一定程度上可以说明，农民军的违纪情况并不像有些人说得那么严重。
应该看到，敌视农民军的一些封建史家，对李自成事迹的记载，往往是多隐其善，夸大其恶，对此不可偏信。
四、军事活动
李自成农民军战事十分频繁，为取得战争胜利，除作战外，还有行军、训练、侦察、巡逻警戒、驻屯休整等一系列军事活动。
（一）作战
李自成农民军经过长期的征战锻炼，积累了较丰富的作战经验，实行了一些有效的战略战术，注重借鉴运用古代兵法战策取胜，表现了较强的战斗力。
1．守流与分合
崇祯十一年（1638年）三月，明户部主事张缙彦上奏：
臣任清涧知县，于兵情贼势亲见有素。盖贼之得势在流，而失势在止。贼之长技在分，而穷技在合。……昔王嘉胤破河曲，据其城，曹文诏夺门砍杀而嘉胤歼。李老柴破中部，据其城，巡抚练国事督兵攻围而老柴擒。神一元破宁塞，据其城，左光先与战而一元死。谭雄破安寨（塞），据其城，王承恩攻围而谭雄诛。此皆守而不去之贼，故速死也。过天星、老回回、混十万等，所破城邑无算，官兵未至，旋即奔逸，此皆流而不居之贼，故缓死也。贼入晋、豫，分头成部，自秦及汝、雒，以至江北，无处不被贼，岂真有数十百万？盖分股以牵制我师，故多见也。
张缙彦所言，反映了农民军作战的一些实际情况。李自成等农民军在与官军的较量中，是有守有流，有分有合的。
（1）守与流
陕北农民军起义初期，有西川、东川等据点，有的农民军还在铁角城实行“耕牧”，为长久之计。西川就是李自成农民军的起义地和经常活动之地。农民军常常出击一番之后，又返回据点防守。这些地方对农民军生存、休整有积极作用，但也容易被动挨打，到崇祯五年（1632年），就基本被官军清剿殆尽。
